1954년, 고지라는 옥시전 디스트로이어로 산화되었다. 그러나 계속되는 핵실험으로 어느날 도시에 나타난 쇼키리스라는 바닷니가 나타나는데 쇼키리스가 갑자기 출몰하던 건 고지라가 나타났기 때문이다. 하지만 일본 정부는 고지라의 부활은 아직 인정할 수 없다며 진실을 은폐하는 행위를 하지만 얼마 뒤 고지라가 도로를 부수며 부활하며 결국 일본 정부는 고지라의 부활을 공식적으로 인정한다. 30년만에 돌아온 파괴신 고지라는 건물을 부수고 다리를 부수는 등 각종 악행을 저지른다, 결국 정부는 고지라에 대비해 제작한 신무기, 슈퍼 X를 출동시켜 고지라의 활동을 어느 정도 정지시키고, 방위군은 고지라를 화산으로 유도하여 화산을 폭발시키려는 작전을 세운다. 그러나 러시아는 고지라를 죽이기 위해 도쿄 본토에 핵폭탄을 떨어뜨리려 한다. 결국 러시아의 무모한 작전으로 고지라는 다시 회복되고 원자력 발전소를 부수어 에너지를 충전시킨다. 방위군은 다시 슈퍼 X를 출동시켜 고지라를 멈추려 하지만 고지라의 열선으로 정리된다. 이후 방위군은 고지라를 화산으로 유도시켜 화산을 폭발시켜 고지라를 화산에 묻어버린다.
고지라 (헤이세이) 시리즈
Description
1984년에 부활한 고지라는 결국 초음파 유도작전에 의해 미하라산의 분화구 속으로 떨어져 최후를 맞은 듯 했다. 그러나 이미 그 시점에서 폐허가 된 신주쿠에서는 각국 첩보원들에 의한 고지라 세포의 치열한 쟁탈전이 벌어지고 있었다. G세포(고지라 세포)는 중동의 산유국 사라지아의 첩보원과 일본 정부의 손에 각각 들어가게 된다. G세포를 입수한 사라지아는 농작물 연구를 위해 초빙한 일본인 시라가미 박사에게 G세포의 힘으로 영원히 시들지 않는 작물을 만들도록 의뢰하지만, 미국의 초거대 식량유통업체인 바이오 메이저의 공작으로 연구소와 G 세포는 함께 폭파되어 사라지고 만다, 그리고 그 과정에서 시라가미 박사의 딸 에리카마저 목숨을 잃게 된다. 시라가미는 딸의 DNA 세포를 장미에게 주입시켜 에리카를 살아있게 한다.
1992년 갑자기 미래인들이 UFO를 타고 나타난다. UFO에서 나온 미래인 에미 카노, 윌슨, 그렌치코는 자신들이 2204년의 미래에서 왔으며, 일본은 21세기에 고지라 때문에 원자력 발전소들이 파괴되어 일본 전국토가 방사능에 오염되어 멸망할 운명이라는 것을 알려준다. 미래인들은 1944년, 2차 대전이 한창 벌어지는 중이던 태평양의 라고스 섬으로 가서 훗날 수폭 실험의 영향으로 고지라가 될 고지라사우루스(ゴジラザウルス)를 도랏토 3마리로 바꾸면서 1992년 고지라는 사라지고 도랏토가 원폭의 영향으로 킹 기도라가 되고 만다.
토레자 헌터 후지토 타쿠야는 인도네시아 인판트섬의 거대한 알에 관한 수수께끼를 풀기 위해 파견되었다. 그 알은 지구생명체를 지키는 수호신 모스라의 알이었고, 바트라와의 전투가 임박했다. 알에서 모스라가 부화하고, 고지라, 모스라, 바트라의 3대 괴수 전투가 벌어졌다. 결국 바트라는 고지라를 안고 바다로 떨어졌고, 모스라는 코스모스와 함께 지구생명체의 메시지를 전하며 떠났다.
1992년 유엔 G센터에서 개발된 메카고지라는 고지라와 싸웠지만 패배했다. 6500만 년 전 알에서 태어난 베이비 고지라를 미끼로 고지라를 유인하려 했지만, 라돈의 습격으로 실패했다. 결국 고지라에게 베이비를 돌려주자 고지라는 파괴를 멈추고 베이비를 데리고 바다로 갔다.
메카고지라가 패배한 이후 G-포스는 메카고지라의 후속기체인 모게라를 건조하는 M프로젝트와, 고지라의 몸에 사이킥 증폭기를 달고 사에구사 미키의 텔레파시로 조종한다는 T프로젝트의 연구를 진행한다. 사에구사 미키를 비롯한 T프로젝트의 연구진들은 고지라가 살고 있는 버스 섬에 자리를 잡고 연구를 진행하고 있었다. 한편, 과거에 고지라의 습격으로 전우를 잃은 유우키 아키라 소좌는 이들보다 더 먼저 버스 섬에 자리 잡고, 고지라에게 복수하기 위해 칼날을 갈고 있었다. 다만, 버스 섬에 있던 리틀 고지라에게는 그런 감정이 없어 적당히 친하게 지내고 있었다. 사에구사 미키는 버스 섬에서 T프로젝트 연구를 돕던 도중, 우주로 갔던 모스라와 코스모스에게서 지구가 위험하다는 경고를 받는다.
스페이스 고지라를 물리치고 1년 뒤, 고지라와 리틀 고지라가 살던 버스 섬이 갑자기 소멸하고 둘도 모습을 감춘다. 얼마 안 지나 몸이 불타오르는 고지라가 홍콩에 나타난다. 버스 섬이 폭발하면서 그 지하에 있던 천연 우라늄의 영향으로 고지라 체내가 불안정하게 변해 언제 핵폭발할지 모르는 상태가 된 것임이 판명된다. G-FORCE는 슈퍼 X-3 등을 동원하여 고지라를 얼리고 최대한 폭발을 막아보려고 한다. 한편, 국립물리연구소의 이쥬인 켄사쿠는 이상한 미생물들을 발견한다. 아주 먼 옛날 지구에 산소가 없던 시절에 나타났던 미생물들이 초대 고지라를 죽인 옥시전 디스트로이어의 영향을 받아 진화한 데스토로이아였다. 데스트로이아는 연구실을 탈출해 하수구를 통해 시나가와 수족관으로 흘러들어간다. 이윽고 수족관에서는 물고기들이 뼈만 남고 산화하는 사건들이 일어난다. 데스토로이아는 수족관을 중심으로 점점 성장해나간다. G-FORCE는 데스토로이아가 냉동에 약하다는 것을 알아채고 메이서를 동원해 집중 공격한다.