نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.

صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.

دو محقق به نام های لیلیان رینولدز و مایکل بریس سیستم توسعه می دهند که می تواند تجارب واقعی مردم را ضبط و پخش کند. زمانی که قابلیت جدیدی را به آن اضافه می کنند مبنی بر اینکه می توانید به مغز یک مرد یا زن رفته و بفهمید در آن لحظه به چه چیزی فکر می کند یا چه احساسی دارد، دستگاه از کنترل خارج می شود و...