「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年経った西暦2034年。草薙が失踪したことにより組織の変革を余儀なくされた9課は、課員を大幅に増やし「10の力で1つの事件を解決する組織」から「8の力で3つの事件を解決する組織」へと方針を転換。加えてトグサをリーダーに任命し、新体制の下で犯罪の抑止にあたっていた。 バトーはこれになじまず、新入隊員の訓練教官を務める傍らで「個人的推論に則った捜査」として単独行動を取っていた。そんな中、梵字の刺青を入れた男たちが相次いで不審な自殺を遂げる事件が発生。彼らはシアク共和国のカ・ルマ元将軍に忠誠を誓い、マイクロマシンによるテロを画策していた工作員であることが判明。それについてカ・ルマの嫡子であるカ・ゲル大佐が取り調べに応じたが、突如として国外逃亡を図り、人質を取って新浜国際空港に立てこもる。トグサ率いる9課はカ・ゲルを追い詰めるも、彼は突然「傀儡廻（くぐつまわし）が来る!」と叫び、トグサの目の前で拳銃自殺してしまう。この一部始終を、失踪したはずの草薙が離れた場所から監視していた。 立てこもり事件から数日後、単独で捜査を行っていたバトーは草薙と再会する。草薙はバトーに「Solid State には近づくな」と謎の警告をする。捜査が進むにつれ、バトーは草薙が「傀儡廻」ではないかと疑い出す。

全世界で3300万部の売り上げを突破し社会現象となった、今世紀最大の傑作ミステリー最終章！宿敵ザラチェンコと対決したリスベットは、瀕死の重傷を負い病院に運ばれた。ソ連のスパイだったザラチェンコの亡命を受け入れた政府の秘密組織＜特別分析班＞は、事件を通じて自分たちの存在が明るみに出るのを恐れ、関係者全員の抹殺をはじめる。その標的には、リスベットも入っていた。ミカエルは仲間を集め、彼女を救うべく陰謀に立ち向かう。

世界は冷戦真っ只中。ジェームズ・ボンドの007復帰トレーニングから物語は始まる。マティーニとフォアグラ、キャビアで怠惰になった身体を鍛えなおすことを新着したMに命令された007。たまたま本部から斡旋されたロンドン郊外の治療施設でボンドはスペクターの女殺し屋ファティマ、そしてアメリカ空軍に所属するジャックの秘密特訓を目撃する。そしてその数日後、ジャックは米空軍より核弾頭搭載巡航ミサイルを2機盗むことに成功する。 この事件を追うボンドは地中海へ向かい、世界的な大富豪のラルゴをマークする。世界の海を豪華クルーザー「空飛ぶ円盤号」（クルーザー全長87m、アドナン・カショーギ所有）で移動しながら慈善活動を行なうビジネスマンだが、裏の顔は秘密結社スペクターのNo.1（スペクターNo.2＝首領は白猫を抱くブロフェルド）であった。そして彼のそばにはジャックの妹であるドミノがいた。

2267年、環境汚染の進んだ地球を捨て、人類はいくつかの宇宙ステーションに避難した。しかし宇宙ステーションはすぐに飽和状態となり、人々は劣悪な環境で暮らすことを強いられた。彼らに残された夢は地球そっくりの惑星レアへの移住。医者であるラウラは、姉が待つ惑星レアへの切符を手にするため、他のステーションへの貨物船へドクターとして乗り込んだ。この簡単な仕事が終わればレアへ行ける大金が手に入る。しかし、その貨物船には思いもよらないものが積まれていた……。