Mälukaotusega tippagendi Jason Bourne'i (Matt Damon) meeletud seiklused jätkuvad. Seekordses filmis üritab ta lõplikult jälile saada enda mineviku varjatud saladustele, kuid takistusi on palju. Teda jahivad politseinikud, CIA ja Interpol, kes soovivad kõik teda rajalt maha võtta - pingeline ajujaht kestab algusest lõpuni!
Jason Bourne'i minevik tuleb tema jaoks tagasi. Kolme filmi saaga teises osas, mis põhineb Jason Bourne'il, endisel CIA agendil, kes kaotab mälu ja kui ta üritab seda taastada ja teada saada, kes ta tegelikult on, satub ta spionaaživõrku ja valitsuse manipuleerimine Ameerika Ühendriikide poolt, kus teda jälitavad kutselised tapjad, poolsõjaväelised palgasõdurid ja endised CIA seltsimehed. Film algab Indias Goa osariigis, kus Jason ja Marie on läinud elama Treadstone'i eest peitu, kuid seal asub ka endine ettevõte agent otsib ja jälitab neid ning jälitab neid. Jason Bourne alustab oma seiklust oma mineviku avastamisega, mäletades osa sellest ja jälitades esindajat, kes samuti poseerib temana.
Pühendunud ja edukas kriminaalpsühholoog dr Miranda Gray ärkab ühel päeval, et leida patsient samas vaimses asutuses, kus ta töötab, ilma mälestuseta mõrvast, mille ta ilmselt toime pani. Ta avastab peagi, et tema abikaasa mõrvati 3 päeva tagasi jõhkralt ja vereandmed ... süüdistavad teda.