Seele ordena un atac total a NERV, amb l'objectiu de destruir els Evangelions abans que en Gendo pugui activar el Tercer Impacte i la Instrumentalitat sota el seu control.

Un holocaust nuclear ha acabat pràcticament amb tots els éssers humans, exceptuant un grup de persones d'Austràlia. Gregory Peck és el comandant d'un submarí que intenta buscar supervivents, mentre el núvol radioactiu, que ja ha destruït l'hemisferi nord, s'acosta sobre l'últim enclavament humà.