در فیلم «نابودگر ۲: روز رستاخیز» باری دیگر یک شکارچی از زمان آینده، برای شکار جان کارنر به زمان فعل می آید. از زمان هولوکاست اتمی سال ۱۹۹۷ توسط ماشین ها و علیه انسان ها، تنها یک مرد باقی مانده که می تواند در وضعیت بحرانی انسان ها تغییری به وجود آورد و او کسی نیست جز جان کارنر که در این فیلم یک نوجوان بیشتر نیست اما قرار است در آینده و پس از فاجعه مذکور، رهبری انسان های باقی مانده در برابر ماشین ها را عهده دار باشد.
فیلم در مورد مردی است که شغلش رانندگی است و در ازای جابجایی بسته‌ها و بدون پرسیدن هیچ‌گونه سؤالی دستمزد خود را دریافت می‌کند...
یک ایستگاه پلیس شهر کوچک تبدیل به میدان نبرد میان یک قاتل حرفه ای، یک پلیس تازه کار و یک کلاهبردار می شود که در پشت میله ها پناه می گیرد و جایی برای فرار ندارد.
از زمانی که کانر توانست با کمک نابودگر از دست روبات جیوه ای جان سالم بدر ببرد ۱۰ سال می گذرد او هم اکنون ۲۵ سال دارد مادر او کشته شده و او تنها زندگی می کند ، کانر زندگی سختی دارد نه خانه ای و نه کاری .تی ایکس پیشرفته ترین روبات انسان پا به کره زمین می گذارد و قصد دارد با کشتن جان کانر زمین را از بین ببرد ، کانر قرار است در آینده فرمانده نیروهای زمینی شود که بر علیه روبات ها به جنگ می پردازند .نابودگر به زمین باز می گردد و این بار قصد دارد به هر طریق ممکن جان کانر را از مرگ نجات دهد در این بین جان کانر با دختری که سالها پیش با او همکلاسی بوده آشنا می شود آنها قرار است بعد ها با هم ازدواج کنند . نابودگر بعد از دشواری زیاد تی ایس را از بین می برد و خود نیز ار بین می رود . جان کانر همراه دوست دختر خود به پناهگاهی می روند که سالها پیش برای جنگهای اتمی درست شده است . در این هنگام روباتها به سیستم اتمی جهان نفوذ کرده و جنگ اتمی را آغاز می کنند.