השני בסדרת סרטי מסע בין כוכבים, והראשון בטרילוגיה שסופה ב"מסע בין כוכבים 4: השיבה הביתה". הפדרציה, יחד עם קבוצת מדענים, משתפת פעולה בפרויקט שנקרא "בראשית". זו תכנית להחזיר כוכב לכת מת לחיים. עד כה הניסויים הראשוניים הצליחו, וכעת לצורך השלב הבא, שהוא למעשה החזרת כוכב לחיים, נדרש כוכב לכת מת. הפדרציה שולחת את ספינת החלל רילאנט למצוא מועמד כזה. הקצין הראשון בספינה הוא חבר צוות האנטרפרייז לשעבר, פאבל צ'כוב. הם מאתרים מה שנראה ככוכב לכת מת במערכת סטי אלפא, אבל החיישנים מזהים סימן חיים קטן שמצביע על כך שכוכב לכת זה אינו באמת מת. קפטן הספינה חושב שאולי ניתן לפנות אותו משם, והוא וצ'כוב יורדים לחקור את מקור החיים. הם מוצאים את מה שנראה כתא חיים, אך נתפסים על ידי תושבי הכוכב. כשהם נלקחים למנהיג, צ'כוב מזהה אותו כחאן ,ביו-אדם מהונדס מסוף המאה ה -20, אותו מצא קירק לפני 15 שנה, שניסה להשתלט על האנטרפרייז ולהרוג את קירק. למרות שחשב שסיים את הקריירה שלו על האנטרפרייז, מוצא עצמו קירק בעיצומה של הרפתקה מסוכנת חדשה.

לדומיניקה אגורובה יש הרבה צדדים: בת מסורה הנחושה להגן על אימה בכל מחיר, פרימה בלרינה אשר דוחפת את עצמה לקצה היכולת שלה, סוכנת פתיינית ומניפולטיבית. כאשר היא סובלת מפציעה הקוטעת את קריירת הריקוד שלה, דומיניקה ואמא שלה מתמודדות בפני עתיד עגום ולא ידוע. כך היא מוצאת את עצמה מגויסת לארגון מודיעין סודי אשר מאמן צעירות יוצאות דופן כמוה כיצד להשתמש בגופן ואישיותן כנשק. לאחר ששרדה את תהליך האימונים האכזרי, היא הופכת ל'דרור האדום' האכזרי ביותר בארגון. כאשר חייה שלה ושל כל יקיריה בסכנה עליה להחליט האם לבטוח בסוכן סי-איי-איי צעיר המנסה לשכנע אותה כי הוא התקווה היחידה שלה.