Aastal 2027 kaootilises maailmas, kus inimesed ei saa enam paljuneda, nõustub endine aktivist imekombel rasestunud naist transportima merel asuvasse pühapaika, kus tema lapse sünd võib aidata teadlastel päästa inimkonna tulevikku.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Stephen Kingi loomingul põhinev õudusdraama räägib kunstnik David Draytonist, kes elab väikeses mereäärses linnakeses. Ühel päeval peale kohutavat äikesetormi kattub terve linn uduga, mille varjus hakkavad linnas toimuma kõhedad rünnakud tundmatute olendite poolt. Kohalikku supermarketisse taganedes peavad Drayton ja teised kohalikud kõigepealt üle saama omavahelistest konfliktidest ning alles seejärel vastu astuma vaenlasele, keda isegi näha ei ole.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.
Seitsme aasta eest jäi kosmoselaev Viimane horisont kadunuks. Nüüd on taas laeva signaalid radaritele ilmunud ja kadunud alust saadetakse uus laev otsima. Kuigi pole teada, kus laev kõik need aastad viibis, avastavad päästelaeva meeskonna liikmed peagi, et tagasi tulles tõi Viimane horisont kaasa midagi surmavat.