A causa di un errore, un virus letale si è diffuso all'interno di un sofisticato centro di sperimentazione biologico sotterraneo chiamato L'alveare. 'La Regina Rossa', l'intelligenza artificiale che governa i sistemi di sicurezza del centro, ha bloccato tutte le uscite del bunker causando la morte di centinaia di dipendenti. E' ora compito di un'avanzata squadra speciale tentare di isolare il computer principale e cercare di capire quello che è realmente successo. Ma la Regina Rossa non sarà l'unico ostacolo che si troveranno a dover superare.

La diffusione dello sconosciuto virus che rende gli esseri umani zombie dalla sorprendente falcata ha gettato morte e panico sul Regno Unito, come visto in 28 giorni dopo, e portato alla completa evacuazione dei superstiti di tutta la Gran Bretagna, messa in quarantena delle nazioni unite. 28 settimane dopo la situazione sembra essere nuovamente sotto controllo: tutti gli infetti sono stati sterminati e il rimpatrio dei primi profughi può cominciare insieme ai lavori di ricostruzione. Il ritrovamento di una donna che sembra essere immune ai devastanti effetti del virus, pur essendone portatrice, è di grande interesse per gli scienziati che studiano la natura del contagio per tentare di produrre un antidoto. Ovviamente, basterà un imprevedibile incidente a dare il via a un nuovo incubo.

Alice, che a seguito di una manipolazione biogenetica ha acquisito poteri fuori dal comune, scopre che gli zombie sanguinari che aveva combattuto sono tornati nella città che circonda la sede segreta dell'Umbrella Corporation. Con un piccolo gruppo di persone non infette, si prepara a dar battaglia per la seconda volta alle terribili creature.

A causa di un'antica maledizione, su una remota isola i morti resuscitano uscendo dalle loro tombe per nutrirsi con la carne delle persone ancora in vita. Quando per un'emergenza attracca sull'isola una barca che trasporta un gruppo di esploratori, tra cui anche una giovane ragazza sopravvissuta tempo prima ad un attacco di zombie che le ha ucciso i genitori, diventa chiaro che l'unica cosa che permetterà agli umani di sopravvivere è l'amuleto protettivo che la ragazza ha ricevuto in dono da sua madre.