Co by się stało, gdyby Shiroyasha nigdy nie nie istniał? I co się stało z Yorozuya? Edo jest zamieszane w chaos, który powstał przez nieznaną przyczynę. Sakata Gintoki żyje teraz w świecie, gdzie przyszłość została zmieniona bez niego. Teraz jako duch z przeszłości, po raz kolejny musi udźwignąć ciężar i uratować swych przyjaciół. Podejmie się jak dotąd najtrudniejszej misji.

Akcja filmu rozgrywa się w epoce Sengoku na terenie dawnej Japonii. Tajemnicza chińska organizacja ściga młodego chłopca który ma być składnikiem eliksiru wiecznej młodości dla podstarzałego cesarza. Uciekinier przypadkowo na swojej drodze napotyka bezimiennego samuraja, który ratuje mu życie odpierając niespodziewany atak wrogich siepaczy. Nanashi (bezimienny) za namową chłopca, zgadza się pracować jako jego ochroniarz. Początkowe relacje między głównymi bohaterami nie zapowiadają wielkiej znajomości, jednak samuraj okazuje się być dobrym towarzyszem podróży i prawdziwym przyjacielem, na którego zawsze można liczyć. Życie uciekiniera to nie sielanka, przeciwnicy okazują się silniejsi niż można się spodziewać. Luo-Lang znany nam jako Rarou, poszukując godnego siebie przeciwnika dąży do pojedynku z Nanashi. Jaki będzie wynik tej śmiertelnej walki? Bezimienny będzie zdolny chronić chłopca? Czy może polegnie i szalone aspiracje cesarza zostaną osiągnięte?