پسرکی به نام کوبو در دهکده‌ای در ژاپن از مادرش مراقبت می‌کند تا اینکه یک شبح از گذشته با احیا کردن انتقامی بسیار قدیمی زندگی وی را زیر و رو می‌کند. این ماجرا باعث می‌شود که انواع و اقسام اتفاقات برای او رخ دهد و هیولاها به تعقیبش بیایند. اما برای اینکه کوبو زنده بماند، باید زرهی جادویی را بیابد که زمانی پدر مرحومش، یک سامورایی افسانه‌ای، آن را می‌پوشیده است و…