Film rozpráva príbeh Klaatua, mimozemšťana, ktorý jedného dňa pristane na Zemi. Ohlasuje svoj príchod v mieri a žiada stretnutie s vodcami všetkých krajín sveta, ktorým chce odovzdať svoje posolstvo. Keď sa však dozvie, že je to nemožné, opustí svoj súčasný príbytok a vydá sa do sveta na vlastnú päsť...

Uprostred série nevysvetliteľných udalostí a počas skúmania príčin veľkého výpadku elektriny stretne elektrikár Roy Neary na opustenej ceste ufo. Roy začína byť ufom a podprahovými správami, ktoré prichádzajú po jeho stretnutí, posadnutý, čím sa vzďaľuje svojej žene a deťom. No zároveň sa dostáva k paralelnému vyšetrovaniu vedcov, armády a ďalších ľudí, ktorí majú podobný zážitok a ktorí sa snažia komunikovať s neznámou mimozemskou prítomnosťou.

K Zemi sa blíži niečo veľmi veľké. Niečo, čo má v pláne urobiť z našej planéty a života na nej pojem minulosti. Nespočetné množstvo 25 kilometrových lietajúcich tanierov sa rozmiestnilo nad hlavnými mestami sveta a deň D sa blíži. A tak sa musia ľudia sveta spojiť, aby sa pred neodvratným začiatkom konca svojej existencie ochránili. Americký prezident, vojak Steven a televízny technik David sadajú do stíhačiek a spolu s armádou ďalších bojových letiek sa strmhlav púšťajú do boja s presilou...

Agenti FBI Mulder a Scullyová už celých päť rokov vyšetrujú prípady spadajúce pod Akty X. Tentokrát budú vyšetrovať výbuch bomby v americkom Dallase, ktorý, ako skoro Mulder zistí, mal ukryť štyri telá, nakazené smrteľným a neznámym vírusom. Agenti sa tak dostávajú znovu na stopu temnej vládnej konšpirácií a ďalším utajeným pravdám.