마법 세계와 비마법 세계의 공존을 깨려고 했던 강력한 어둠의 마법사 겔러트 그린델왈드는 뉴트 스캐맨더와 미국 마법부 의회에 의해 붙잡혔지만, 유럽으로 이송하는 과정에서 탈출하고 만다. 그린델왈드의 탈출 목적은 프랑스 파리에 머무는 것으로 추정되는 크레덴스를 포섭해 자신의 수하로 삼는 것. 영국으로 돌아왔던 뉴트는 덤블도어 교수로부터 자신은 나설 수 없으니 그린델왈드에 맞서달라는 지령을 받고 역시 파리로 향한다. 뉴트의 친구들, 제이콥과 퀴니, 그리고 오러로 복귀한 티나도 순혈 마법사의 세력을 모아 마법을 사용하지 않는 사람들을 지배하려는 그린델왈드의 야욕을 막기 위해 파리로 향하는데...

고스트 버스터즈 4인방은 악마 '고저'로부터 세계를 구한 후 순탄한 생활을 하지 못하고 있다. 이들은 소동으로 파괴된 빌딩과 도로 수리비를 벌기 위해 유령퇴치 일도 휴업한 채 실직 직전에 있다. 다나(시고니 위버 분)도 이혼 후 아들 오스크와 함께 지내고 있다. 다나는 미술관에서 일하는데, 그녀는 아기가 탔던 유모차가 혼자 움직이더니 자동차 사이를 달리는 이상한 일이 생기자 유령 퇴치꾼들을 부른다. 고스트 버스터즈 4인방은 이 일을 계기로 다시 모여 다나의 집근처를 조사한다. 그러던 중 그들은 땅 속에서 붉은 색 거품의 강을 발견하고, 이 거품이 인간의 증오와 불신의 감정이 뭉쳐서 형성된 물질임을 알게 된다. 한편 다나의 직장인 미술관의 야노즈 박사(피터 맥니콜)가 초상화로 인해 악령의 조종을 받게 되는데...

뉴저지 출신의 건설 노동자. 추억 속에 남아 있던 고교 시절 여친으로 인해 첩보 임무에 투입되면서 평범한 남자에서 예비 스파이로 거듭난다.