사소한 잘못으로 상부로부터 할복 명령을 하달받은 사무라이가 그것에 저항하는 이야기. 인습과 전통에 대해 순응하는 일본 사회에 저항하는 메세지를 담은 작품.

검객 류노스케는 도덕적 규범이 없고 양심의 가책도 없이 살인을 일삼는다. 그는 분노죠오와의 경합을 앞두고 비열한 수를 써 그를 죽음으로 이끈다. 일도류의 원한을 사게 된 류노스케는 고향을 떠나 신선조에 가담하지만 그의 비열함은 여전하고, 분노죠오의 동생인 효마와의 결투를 앞두게 되는데...

미무라 신노죠는 쇼군의 밥에 독이 있는지 검사하는 '독미(毒味)' 사무라이다. 그는 자신이 하는 일에 회의를 느끼고, 동네 아이들에게 검술을 가르치는 일을 하고 싶다는 꿈을 꾸고 있다. 하지만, 어느 날 신노죠는 독미관을 하는 도중 독을 먹고 심한 열병을 앓다 깨어난다. 그리고 시력을 잃게 된다. 신노죠를 걱정한 아내 카요는 신노죠의 앞으로의 일을 부탁하기 위해서 마을의 고관 시마다를 찾아지만 시마다는 그녀의 부탁을 들어주는 대신 그녀에게 반강제적인 성상납을 강요하고, 이를 오해한 신노죠는 아내와 이혼을 하기에 이른다. 하지만 이후 썩어빠진 고위간부가 아내를 농락했다는 사실을 알게 된 신노죠는 시마다에게 결투장을 보내게 되는데.

떠돌이 무사 칸베이는 길 가던 여자들을 겁탈하려다 위기에 처한 동료들을 구하기 위해 살인을 하게 된다. 그는 어린 아들을 유모차에 태우고 방랑하는 자객 오가미 잇토와 우연히 만나 결투를 신청하지만 오가미로부터 진정한 무사를 살려두고 싶다는 말을 듣는다. 오가미는 어느날, 여관에서 유곽에 팔려가던 중 겁탈하려는 중개인을 죽이고 자신의 방으로 도망온 소녀 오마츠를 구해주기 위해 망팔자들에게 끝까지 저항한다. 망팔자의 우두머리로 가케가와번의 필두 가로였던 미우라 다케와키의 딸 토리조는 오가미가 범상치 않은 무사임을 직감하고, 번을 팔아 권력을 손에 넣은 사와타리 겐바에게 청부살인을 의뢰한다. 한편 로쥬 이타쿠라 나이젠노쇼를 꼬드겨 권력을 손에 쥔 사와타리는 다시 로쥬를 살해하려 오가미에서 살인을 청부하나 거절당하자 오가미를 죽이기 위해 대규모의 군사를 동원한다. 그러나 오가미는 혼자서 군사 수백명의 활과 총을 물리친다.

아픈과거를 가슴에 묻고 아버지를 찾아 세상을 방랑하는 맹인 검객 이치 이치는 사무라이들에게 몸을 파는 맹인 여자를 돕는 과정에서 사무라이들을 살해하고 한 마을에 잠시 머물게 된다. 마을은 겉으로는 평화롭게보이지만 서로 다른 파가 대립하는 위기 상황에 항상 긴장감이 흐르고 있다. 아버지를 찾고자 하는 일념으로 조용히 마을을 떠나고자 했지만, 상황은 그녀를 이들의 전쟁에 빠져들게하고, 자신을 보호하기 위해서만 검을 사용했던 이치는 처음으로 남을 위해 검을 휘두르게 되는데.

아버지의 복수를 위해 길을 떠난 얼짱 훈남 사무라이 소자에몬(오카다 준이치)은 원수가 살고 있다는 정보를 입수하고 에도의 한 마을에 정착한다! 그러나 복수를 하는 일보다는 마을 사람들과 어울리고 동네 아이들을 가르치는 일에 더 마음이 가는 소자에몬, 게다가 이웃집에 살고 있는 예쁜 여인 오사에(미야자와 리에)도 자꾸 신경이 쓰인다. 사실 검 한 번 휘둘러본 적 없는 초보 무사 소자, 결국 그의 싸움 실력은 들통이 나고, 마을 사람들은 복수에 성공할 수 있겠냐며 오히려 걱정을 한다. 그러던 어느날 원수 카나가와(아사노 타다노부)를 찾아낸 소자, 그러나 과거의 일은 잊고 열심히 살아가고 있는 그에게 복수를 하려니 선뜻 결심이 서지 않는다. 고심하던 소자는 모두가 행복해질 수 있는 특별한 복수극을 준비하는데.

신선조의 새로운 사무라이를 뽑는 선발대회장. 총장과 부장의 입회 아래 신선조 최고의 검사인 오키타 소지(다케다 신지 분)가 일일이 직접 상대하면서 선발을 하고 있다. 혼자서 여럿을 상대하다 보면 지치게 마련이지만 오키타의 실력으로는 가볍게 후보자들을 이겨내고 있다. 하지만 호각을 이룰 정도의 실력을 지닌 미소년 카노(마츠다 류헤이 분)와 결국 오키타의 검을 떨어뜨리게 만든 상당한 실력자 타시로(아사노 다다노부 분), 이렇게 두 명이 선발되었다. 새로 신선조로 선발된 카노에게는 커다란 문제가 있었으니, 그건 다름 아닌 지나치게 출중한 그의 미모였다. 웬만한 여자들보다 더 아름다운 그의 미모에 신선조 총장도 이상한 관심을 보이고, 더구나 같이 선발된 타시로는 적극적으로 좋아한다고 말하며 대쉬를 한다. 점점 신선조 내부에서는 카노에 대한 이상한 소문들이 돌기 시작하고, 절제되 있던 분위기가 점점 술렁인다. 최강을 자랑하던 신선조…그러나 대항하는 무리가 생기고, 그들을 제압하기 위해 조장과 카노가 출동하지만 적의 기습에 당하고 만다. 큰 사건이 생긴 것과 함께 내부적으로는 의문의 살인사건이 일어나고 신선조의 분위기는 점점 혼란스러워지는데… 점점 더 카노를 둘러싼 사무라이들의 시기와 질투, 그리고 어떻게든 카노로 하여금 여자를 느끼게 해주려는 부장, 모든 것이 알 수 없는 결말을 향해 질주하기 시작한다.