In het feodale Japan, tijdens een bloedige oorlog tussen clans, stuiten twee laffe en hebzuchtige boeren, soldaten van een verslagen leger, op een mysterieuze man die hen naar een in de bergen verborgen fort leidt.

Een groep idealistische jonge mannen, wiens baas is ontvoerd omdat deze vastberaden is om de corruptie uit te bannen uit hun stad, ontmoet een knorrige en cynische samoerai die totaal niet voldoet aan het beeld dat zij hebben van een samoerai.

Japan, eind 16de eeuw. Het land beleeft een periode van hevige oorlogen tussen de verschillende feodaliteiten. De machtige Shingen Takeda geldt hierbij als een onoverwinnelijk landheer. Maar dan gebeurt het ondenkbare: Shingen wordt gedood door een kogel.

Seibei Iguchi is een arme samurai die na het overlijden van zijn vrouw in z'n ééntje voor zijn twee dochters en seniele moeder moet zorgen. Op een dag komt hij de mooie Tomoe, met wie hij is opgegroeid, tegen, die op de vlucht is voor haar ex-man, een samurai met veel aanzien.

In een pension in het negentiende-eeuwse Japan verblijven een aantal excentrieke karakters, waaronder de dief Sutekichi, op wie de pensionhouder Osugi verliefd is. Sutekichi is echter verliefd op Osugi's zus.

Om zijn krijgers voor te bereiden op mogelijke aanvallen van buitenlandse indringers, organiseert de hanshu een marathon. De marathon volgt ongeveer 58 kilometer een bergpad. Reservisten doen mee aan de marathon en krijgen een prijs aangeboden. Ondertussen wordt de marathon door de centrale regering van Edo ten onrechte als een daad van verraad beschouwd. De moordenaars worden naar Hanshu Palace gestuurd. Jinnai Karasawa (Takeru Satoh) verschijnt als een normale samoerai, maar hij is eigenlijk een spion voor de centrale overheid. Hij realiseert zich dat er moordenaars naar het Hanshu-paleis worden gestuurd. Om de moordenaars tegen te houden en het misverstand uit de wereld te helpen, gaat Jinnai Karasawa wanhopig op de vlucht.

In het laatste deel komt Shingo in confrontatie met de oom van zijn vriend Yagyu Katsunoshin in een duel dat het lot van Japan zou kunnen veranderen.