Japan im 16. Jahrhundert. Einmal im Jahr fällt eine Räuberbande in abgelegenes Provinznest ein und klaut den dort ansäßigen Bauern alle Vorräte und Wertsachen. Um dem Einhalt zu gebieten, wenden sich diese hilfesuchend an umhervagabundierende Samurai. Sieben Wanderkrieger entschließen sich aus unterschiedlichsten Motiven, den Landwirten beizustehen. Gemeinsam machen sie sich daran, das Dorf in eine Festung und die Agronomen in Hilfssoldaten umzurüsten, und schließlich weicht auch ihre ursprüngliche Söldnermentalität einem aufrichtigen Gefühl der Solidarität.

Der Film basiert auf einer Geschichte von Shugoro Yamamoto und wurde auch von der Novelle "Die Erniedrigten und Beleidigten" von Fijodor Dostojewski inspiriert. Ein junger Arzt wird an ein ländliches Krankenhaus versetzt, um dort seine Ausbildung beim Klinikdirektor, genannt Akahige (Rotbart), zu beenden.

Der legendäre Schwertkämpfer Kenshin Himura, hat nach der Meiji-Restauration aufgehört, mit dem Schwert zu töten. Er versucht ein friedliches Leben mit Kaoru Kamiya zu führen, die im Dorf eine Schwertkampfschule betreibt. Doch dieses nimmt ein jähes Ende, als sein Lieblingsrestaurant Akabeko zerstört wird. Kenshin Himura findet dort eine Notiz mit der Aufschrift „Jinchū“, die Unheil verspricht.

Mitte des 19. Jahrhunderts verbreitet in der japanischen Provinz der ebenso verschlagene wie hochtalentiere Samurai Ryunosuke schlechte Stimmung, indem er wahllos mordet und, was schwerer wiegt, bei einem Turnier den Meister Utsuki tötet, obwohl doch zuvor dessen Sieg vereinbart war. Während sein Vater ihn verstößt und Utsukis Sohn auf Rache sinnt, flieht Ryunosuke mit der Frau seines Opfers in die Provinz und verdingt sich fortan in einer Mörderbande, die den Sturz des Shogunats betreibt.

Während der japanischen Bürgerkriege im 16. Jahrhundert kann Fürst Takeda auf Grund der strategischen Fähigkeiten eines Samurais seine Macht ausbauen und festigen. Der Ehrgeiz des Kriegers, der den Besitz des Fürsten Suwa erobern will, ist auch durch den Widerspruch seines Kriegsherrn nicht zu zähmen. Er hintergeht ihn und tötet Suwa. Allmählich wendet sich das Kriegsglück...

Zatoichi ist des Kämpfens müde und kehrt in sein Heimatdorf zurück, wo er Ruhe und Frieden finden will. Allerdings wird er von dem Bruder eines Mannes namens Kanbei, den er getötet hat, verfolgt. Zu Hause angekommen trifft er seinen alten Lehrer Banno wieder, der gerade dabei ist, seine Schwester Yayoi an eine einflußreiche Samuraifamilie zu verheiraten. Yayoi und Zatoichi erkennen, dass sie ineinander verliebt sind, Banno ist aber nicht damit einverstanden, dass Zatoichi sie zur Frau nimmt.

Nachdem Zatoichi einige Mitglieder einer Yakuza-Gang im Ringkampf besiegt hat, sind diese gar nicht gut auf ihn zu sprechen. Dann entdeckt er, dass seine alte Liebe Tane sich im selben Ort befindet, daher bleibt er trotz der Anfeindungen hier. Aber es bahnen sich neue Probleme an: Der Kronprinz einer Gang soll seinen Mut beweisen, indem er Zatoichi sie Stirn bietet.

Die blinde Wandermusikantin Ichi begibt sich auf die Suche nach ihrer Vergangenheit. Ihre einzigen Begleiter sind ihr Schwert und ihre Einsamkeit. Schweigsam, stolz und kompromisslos begegnet sie allem, was sich ihr in den Weg stellt. Nur Toma, ein traumatisierter Samurai, der nicht kämpfen kann, vermag sich Ichi zu nähern: Eher unfreiwillig rettet sie ihm das Leben und erledigt von da an seine Samurai-Pflichten. Als Ichi für einen letzten Kampf dem berüchtigten Bandenführer Banki gegenübertritt, der der Schlüssel zu Ichis Wurzeln sein könnte, ist es auch Toma, der ihr zur Seite steht. Für Ichi, die die Grenzen zwischen Licht und Schatten, Leben und Tod und Freund und Feind bisher weder sehen noch spüren konnte, beginnt damit die Reise zu ihrem Innersten.