Hattukaupan Sophie kohtaa sattumalta kaunottaria viettelevän turhamaisen velhon nimeltä Hauru. Nuori neito nostattaa Turhamaisuuden velhon kateuden ja joutuu tämän noitumana kokemaan, millaista on elää 90-vuotiaana. Noituuden salatakseen Sophie jättää entisen elämänsä – ja päätyy taloudenhoitajaksi Haurun liikkuvaan linnaan.

Vuosi 2029 - naiskyborgi ja valtion agentti, majuri Motoko Kusanagi ja Sisäisen Tutkinnan Virasto ovat päässeet mystisen tietokoneviruksen, "Nukkemestarin" jäljille. Erityisen uhkaavan viruksesta tekee se, että se on kykenevä imeytymään ihmiseen ja käyttämään häntä isäntänään! Yhdessä osasto 9:n kollegojen kanssa Motoko aloittaa huipputeknologisen kilpajuoksun aikaa vastaan, tavoitteenaan vangita tämä kaikkialla läsnäoleva entiteetti.

Kaiken pahan alku ja juuri Paprikassa on laite, jolla on mahdollista sukeltaa suoraan ihmisten uniin ja samalla vaikuttaa niihin. Kun salaperäinen taho varastaa laitteen ja rupeaa tekemään tuhojaan unimaailmassa, käy vähitellen selväksi, että peliä pelataan tällä kertaa isoilla panoksilla. Ainoa toivo lienee tohtori Chiba Atsuko, joka unimaailman siirtyessään ottaa nokkelan, kauniin ja kyvykkään Paprikan hahmon. Mutta tämä uhka saattaa olla liikaa jopa jokapojan unelmien naiselle.