Δύο αδελφές με τον πατέρα τους, μετακομίζουν στην εξοχή για να είναι πλησιέστερα στο νοσοκομείο που νοσηλεύεται η μητέρα τους. Εκεί θα ανακαλύψουν ότι τα δέντρα της περιοχής κατοικούνται από τους Τότορος, μαγικά πνεύματα του δάσους. Όταν η νεότερη από τις δύο το σκάσει από το σπίτι, η αδελφή της αναζητά βοήθεια από τα πνεύματα για να την βρει.

Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.

Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.

Λέγοντας "ναι" στην πρόσκληση ενός μυστήριου εκπαιδευτή, ο Ας, η Μίστι κι ο Μπροκ γνωρίζουν το Μιούτου, ένα κατασκευασμένο Πόκεμον που θέλει να δώσει μάχες.