어릴 적부터 경찰이 꿈이었던 토끼 주디 홉스는 주변의 만류에도 불구하고 경찰학교에 들어가 당당히 수석으로 졸업한다. 온갖 동물들이 모여 살며 교양 있고 세련된 라이프 스타일을 주도하는 대도시 주토피아에 자원한 주디는 의욕을 안고 출근하지만, 상사는 작은 토끼라는 이유로 주차관리 같은 소일거리만 시킨다. 따분하게 업무를 보던 주디는 아이스크림 불법 판매를 일삼는 사기꾼 여우 닉 와일드를 알게 되고, 그와 함께 48시간 안에 주토피아에서 벌어지고 있는 연쇄 실종사건을 추적해야만 하는데...

철없는 젊은 엄마의 거짓말에 지친 월터 (할리 조엘 오스먼트). 엄마는 대학에 진학한다는 핑계를 대고 생면부지의 먼 친척 노인들에게 월터를 맡겨놓고 떠난다. TV도, 전화도 없고, 엽총으로 방문 판매원을 위협해 내쫒는 괴팍한 삼촌들, 허브와 거스 형제. 월터는 이 괴짜 삼촌들과 지낼 일이 막막하기만 하다. 하지만 아이와 함께 해 본적이 없는 이 삼촌들도 월터가 부담스럽기는 마찬가지. 그러나 몽유병 환자인 허브 (로버트 듀발)에 관한 이야기를 거스 (마이클 케인)에게서 들으면서 월터는 삼촌들의 지나온 시간들이 궁금해지기 시작한다. 거짓말처럼 멋진 여행이야기, 아름다운 공주와의 사랑, 공주와 이국의 족장과의 정략결혼, 허브 삼촌과 족장의 결투 등 허브와 거스의 환상적인 모험담은 월터를 들뜨게 한다. 텃밭도 일구고, 시내에 나들이도 함께 다니는 이 세 남자에게는 모든 생활이 즐겁다. 삼촌들과 신나는 나날을 보내던 어느 날 월터는 삼촌들이 젊은 시절 전쟁 범죄자 혹은 마피아 암살자, 은행강도였다는 무시무시한 소문을 듣게 된다. 그리고 우연히 엄청난 양의 현금 뭉치가 헛간 바닥에 숨겨져 있는 것을 보게 되는데… 과연 허브와 거스 형제의 모험은 사실일까? 월터는 삼촌들에 대한 믿음과 뒤늦게 찾아와 현금이 있는 곳을 대라는 엄마 사이에서 혼란스럽기만 한데...

센트럴파크 동물원의 인기절정 뉴요커 4인방 사자 알렉스(벤 스틸러)는 스포트라이트를 한 몸에 받는 뉴욕 센트럴파크 동물원 최고의 인기 스타. 타고난 품종은 정글의 왕이지만 사실 알렉스는 동물원 인기 스타인 자신을 자랑스러워하고 정글 구경은 한 번도 해 본 적 없는 정통 뉴욕 토박이다. 알렉스의 친구들인 얼룩말 마티(크리스 록)와 기린 멜먼(데이비드 쉬머), 하마 글로리아(제이다 핀켓 스미스)도 온실 속 화초처럼 동물원의 안락한 생활이 익숙하기만 한데... 탈출은 꿈꾼 적도 없는 데 미지의 정글 마다가스카로?! 그러던 어느 날, 호기심 많은 마티가 그들의 고향 남극으로 탈출기회만을 노리는 정체불명 펭귄 특공대의 꾐에 빠져 야생에 대한 동경을 안고 외출을 시도한다. 알렉스와 친구들은 사라진 마티를 찾기 위해 동물원 밖으로 나가게 되고, 사람들에게 발견된 동물 4인방(사실은 뉴요커 4인방)은 갑갑한 동물원 탈출을 모의했다는 오해 아닌 오해를 받은 채 아프리카로 향하는 배에 오르게 되고... 정글보다 도시가 더 좋은 뉴요커 4인방의 정글 탈출기! 뉴요커 4인방이 포획된 배를 남극을 향한 배로 오인한 펭귄 특공대는 재빠르게 선박을 접수하고 항로를 바꾸는 사이, 4인방이 갇혀 있던 상자가 바다로 떨어지면서 알렉스와 친구들은 미지의 정글 마다가스카에 표류하게 된다. 지금까지 안락한 뉴요커의 삶을 살아온 이들이 과연 거친 야생의 정글 마다가스카에서 살아갈 수 있을 것인가? 아니면 다시 센트럴파크의 동물원으로 돌아갈 것인가? 정글보다 도시가 더 좋은 뉴요커 4인방의 험난한 정글 탈출기는 이제부터 시작된다!!

티몬은 몽구스 마을이 싫었다. 언제 어디서 덮칠지 모르는 하이에나와 맹수들을 피해서, 땅굴을 파고 또 파며 숨어사는 몽구스 마을. 그렇지만 티몬이 원하는 것은 남의 눈치보지 않고 햇빛을 받으며 풍요롭게 즐기는 삶이다. 당연히 몽구스 마을에서는 최고의 말썽꾼이자 골칫거리일 밖에. 그래서 티몬은 길을 떠났다. 눈에 보이는 곳 저 너머, 꿈에도 그리는 이상적인 집을 찾으러... 티몬의 길동무가 된 것은 멧돼지 품바. 커다란 덩치에 상당히 못생기고, 방귀냄새는 주변의 모든 동물들을 쓰러지게 할 만큼 강력하지만, 마음만은 바다처럼 넓고 따뜻한 친구이다. 사막을 지나, 심바의 탄생연이 벌어지는 프라이드 랜드를 지나, 코끼리 무덤과 하이에나 동굴을 지나고, 심바가 들소떼에 쫓기는 바람에 무파사가 목숨을 잃고 들소 계곡을 지나, 폭포 밑으로 쭉 내려와서 티몬과 품바는 드디어 꿈에도 그리던 파라다이스를 발견했다. 그리고, 어디서 왔는지 모를 어린 사자 심바를 주워다가 함께 하쿠나 마타타 천국을 완성한다. 왕위를 되찾으려는 심바의 혈투!! 그리고, 웃음 없이는 볼 수 없는 티몬과 품바의 대활약!!! 문제는 심바의 소꿉친구 날라가 나타나면서 시작됐다. 심바가 자신의 왕국을 구하러 프라이드 랜드로 돌아가겠다는 것이다. 품바는 심바를 돕고자 하지만, 티몬은 하쿠나 마타타를 포기하고 위험천만한 전장터로 가기가 너무나 꺼려지는데...

몬테카를로에 잠시 다녀온다더니 영영 무소식인 펭귄일행을 기다리며 아프리카에서 하루하루 고향 뉴욕에 대한 향수에 취해있는 ‘알렉스’(사자), ‘마티’(얼룩말), ‘멜먼’(기린), ‘글로리아’(하마). 결국 뉴욕행을 결심하고, 함께 돌아가기 위해 펭귄 일행을 찾아 몬테카를로로 향한다. 하지만 펭귄 일행과 만나기가 무섭게 동물 통제 관리국 ‘캡틴 듀브아’에게 쫓기는 신세가 된 뉴요커 4인방. 그녀의 맹추격 속 위기에 몰린 이들은 우연히 만난 유럽 서커스단 ‘비탈리’(호랑이), ‘지아’(재규어), ‘스테파노’(바다사자)에게 자신들이 미국 뉴욕의 서커스단이라고 속여 기차를 얻어 타고서야 겨우 위기를 모면하게 된다. 듀브아와의 추격전에 비행기는 망가지고 뉴욕으로 돌아갈 방법이 없어져 좌절하던 4인방은 유럽 서커스단의 공연이 성공적이면 유럽을 넘어 미국 뉴욕으로 갈 수 있다는 말에 이들과 함께할 것을 결심한다. 마침내 로마에서의 첫 공연! 하지만 기대와 달리 기술도 의욕도 평균 이하인 유럽 서커스단의 공연에 뉴요커 4인방의 희망은 절망으로 바뀌고 만다. 뉴욕으로 가기 위해서는 어떻게든 서커스를 성공시켜야 하는 상황! 알렉스는 지금까지 해왔던 서커스가 아닌 새롭고 창의적인 공연을 해보자고 제안한다. 이에 유럽 서커스단과 뉴요커 4인방은 모두 함께 힘을 합쳐 전에 없던 놀랍고, 환상적인 서커스 공연을 준비하기 시작하는데…

마다가스카 섬에서 좌충우돌 모험을 끝낸 뉴요커 4인방 사자 알렉스(벤 스틸러), 얼룩말 마티(크리스 락), 기린 멜먼(데이빗 쉼머), 하마 글로리아(제이다 핀켓 스미스)는 펭귄 특공대가 제작한 비행기 ‘에어 펭귄’을 타고 뉴욕으로 컴백하던 중 또 다시 미지의 세계에 불시착하게 된다. 이번에는 말로만 듣던 진짜 生 야생 ‘아프리카’! 그들은 각자 헤어졌던 가족, 새친구, 연인을 만나 生 야생에 적응해간다. 그러던 중, 평화롭던 아프리카에 가뭄이 찾아오고 뉴요커 4인방은 혼란에 빠진 아프리카를 구하기 위해 뭉치는데… 과연 함께해도 모자란 이들이 위기의 아프리카를 구할 수 있을까? 그리고 아프리카를 탈출해 무사히 집으로 돌아갈 수 있을까?

아프리카의 오지에 비행기가 추락하고 혼자 살아 남은 어린 조지(브렌든 프레이저)는 정글 속에 미아로 남는다. 시간이 흘러 조지는 정글의 왕으로 성장한다. 미모의 우르술라(레슬리 만)는 약혼자인 라일과 정글을 탐험하던 중 사자를 만나 의식을 잃는다. 의식에서 깨어난 우르술라는 조지에게 사랑을 느낀다. 겁쟁이에다 약아빠진 라일은 밀렵꾼을 동원하여 우르술라를 찾아낸다. 밀렵꾼들과 난투극을 벌인 조지는 부상을 입는데, 우르술라는 그런 조지의 치료를 위해 샌프란시스코로 데려간다. 라일은 밀렵죄로 아프리카에 수감된다. 도시에 적응하지 못한 조지는 다시 정글로 돌아가지만...