宇宙艦隊士官である父親を幼いころに亡くしたカークは、自由な心を持つ行動的な青年に成長するが、父の遺志を継ごうと宇宙艦隊アカデミーに入学。やがてバルカン星からの緊急救助要請を受け、宇宙艦隊のUSSエンタープライズが出発することになり、カークや親友マッコイらアカデミーの若者たちも乗り込むことに。バルカン星を襲ったのは好戦的なロミュラン人だった。カークはサブリーダーのスポックと対立するようになるが……。

傑作「2001年宇宙の旅」の続編。 2001年のディスカバリー号の木星探査は失敗に終わり、生き残った船長デビット・ボーマンは木星の衛星軌道上で巨大なモノリスと接触し、謎のメッセージを残して失踪する。 それから9年後、米ソの緊張が高まる中、ディスカバリー計画の責任者ヘイウッド・フロイド博士は、HAL9000の開発者チャンドラ博士らとともに、ソ連の宇宙船レオーノフ号で木星へ向けて旅立った。そこで明らかにされるディスカバリー号のHAL9000の反乱の真実。そしてフロイドの前に表れたボウマン船長の幻影が語る。

舞台は再開発の波が押し寄せる1980年代のニューヨークの東8番街（現在の慣用的な邦訳では、東8丁目）。アパートの住人のフランクらは、立ち退き問題に疲れ果てていた。その夜、空から、命を持ったUFOのような生命体が現れ、アパートの住人を守ろうとする。

物語は、あのアパートでの惨劇の直後から始まる。完全隔離されたアパートに、ある特命を受けた医師と武装した警官隊が突入する。それぞれヘルメットにCCDカメラを装着した彼らは、感染者たちの襲撃に怯えながらアパートの最上階へと向かう。僅かに生き残った者が、“感染”の深層部であろう最上階の部屋で見たものとは…。

ある夜、TV局レポーターのアンジェラはロサンゼルス消防士の密着取材のため、彼らのレスキューに同行し、老朽化した小さなアパートを訪れる。そこで何かに感染したために狂人となった老婆が警官に襲い掛かり、アンジェラたちは警官を救出するも、アパートは警察により封鎖され脱出不可能となっていた。TVクルーが撮影したビデオテープだけに、その夜の凄惨な映像が克明に記録されていた。主演は「エミリー・ローズ」のジェニファー・カーペンター。

タクシードライバー、ジャックの車に少年と少女が乗り込んでくる。彼はどこか微妙にズレた言動の二人をいぶかるが、いつものように車を発進させる。ところが、突然どこからか数台の武装したSUV車が現れ、彼らの後を追跡し始める。