「トップガン」のトニー・スコットが挑むポリティカル・サスペンス。クーデターが勃発しロシア情勢は一気に悪化、反乱軍が核施設を制圧した事で世界は第三次大戦の危機を迎えた。米海軍はベテランの艦長と新任の副長を乗せた原潜アラバマを派遣するが、核攻撃準備の指令をめぐって艦長と副長は対立してしまう……。

マンハッタン、タイムズスクエア。自称一流のパブリシスト、スチュは、今日もアシスタントを従え、携帯電話からクライアントや業界に口八丁でビジネスをまとめ上げている。そんな彼はアシスタントと別れた後、1台の電話ボックスに立ち寄り、結婚指輪を外してクライアントの新進女優パメラに電話を掛けた。スチュは彼女をモノにしようとしていたが、上手くいかずに受話器を置く。その刹那、今使っていた公衆電話のベルが鳴り、思わず受話器を取ってしまうスチュ。すると電話の主は、“電話を切ったら殺す”と脅迫してきたのだった…。

新興の航空会社社長トムはある日、息子を誘拐され200万ドルの身代金を要求される。FBI協力のもと、息子を取り戻そうと奮闘するトム夫妻だが、身代金を払っても息子は生きて戻らないと悟ったトムは奇抜な行動に打って出る。それは、用意した200万ドルを身代金ではなく、犯人の首にかける懸賞金とする事と、息子を生きて返せばこの懸賞金を取り下げる事をテレビで発表したのである。トムの行動に世間は沸き立つが、これによって犯人グループの中にも不協和音が生まれることに…。

第四次中東戦争の最中、イスラエル空軍に所属する1機のA-4が戦術核爆弾を搭載して基地を離陸するが、飛行中にアラブ連合軍の2K12地対空ミサイルによって撃墜される。パイロットは死亡し、機体も空中で大破するが、搭載されていた戦術核は原形を留めたまま砂漠の砂中に埋もれてゆく。 それから月日は流れ、ロシアで前大統領が急死しチェチェン紛争に関して強硬姿勢も辞さない新大統領ネメロフが就任し、米ロ両国の緊迫した関係を改善するため米国はCIAの長官キャボットとその補佐のジャック・ライアンをロシアに派遣する。しかし、両国の間で生じた相互の不信はぬぐえず、これを利用したネオナチやKKKを中心とした勢力が戦争を起こそうと策動を始めた。

退役を迎え、ハワイからアメリカ本土に最後の航海に出たアメリカ海軍戦艦「ミズーリ」。艦長のサプライズ誕生日パーティーと偽りヘリが着艦。しかしそのヘリには元CIAエージェント、ストラニクス率いるテロリスト一味が乗っていたのだ。副艦長・クリル中佐も仲間の一味で彼らを手引きしていた。クリル中佐は艦長を殺害、テロリストどもは他の乗員を船倉に監禁してしまう。彼らの目的は、艦に搭載されている核弾頭搭載トマホーク巡航ミサイルのブラックマーケットへの転売だった。 ただひとり難を逃れたのは、冷蔵庫に監禁されていたコック長のライバック兵曹のみ。しかし彼の正体は、元海軍特殊部隊「SEAL」の対テロ部隊の指揮官だった。彼は、ある作戦で部下が多数死傷し、当時の情報将校を殴打し降格処分になってしまった。それをアダムス艦長が不憫に思い、彼を自分の手元に置いてコック長という任務に就かせていたのである。 救出した同僚やケーキの中にいた女性ダンサーのジョーダン・テイトと共に、ライバックの反撃が始まる。

すでに引退した世界一のハッカー「スタンリー」のもとにはジンジャーと名乗る美女が現れ、麻薬取締局が行った極秘作戦「ソードフィッシュ」によって利用したダミー会社の資金、95億ドルをコンピュータ操作で奪おうと持ちかけてくる。

NY市警官トムの家に同居することになったローリーは、アイルランドから来た好青年。彼はトムの妻や娘ともすぐに親しくなるが……。異色2大スターの顔合わせによるサスペンス・アクション。

フィリップ・K・ディックの短編小説「ゴールデンマン」を映画化。ラスベガスの小さなクラブでマジシャンをしているクリス は、未来を予知する能力を隠し持っていた。一方、ロサンゼルスのどこかに核爆弾が仕掛けられ、アメリカ全体が2時間以内に壊滅する危機にさらされる。FBIのカリーはクリスに協力を依頼するが、彼が予見できるのは自分の身の回りに起こるほんの2分先の未来であった。

大統領候補である共和党の上院議員が、懐疑的なテレビレポーターに1時間にわたってインタビューし、アフガニスタンでの勝利のための戦略を詳しく説明する。アフガニスタンの尾根で待ち伏せされた2人の特殊部隊が、タリバン軍が迫ってくる中で救助を待つ。カリフォルニアの大学の政治学教授が、学生に再会を求める。

消火活動中、少女と炎の中に閉じ込められ、からくも助け出されたものの少女は死亡、以来精神的に不安定になったダレン。退職し、スタジアムの防火責任者の職を得た彼は、離れて暮らす息子と娘を試合に連れ出した。アイスホッケーのスタンレイカップ決勝戦を副大統領が観戦する特別室にテロリストが乱入。

CIAは監視システムおよび粒子ビーム砲搭載の人工衛星「グレイザー1」を極秘裏に開発していた。そして打ち上げに成功し一同は安堵するが、その場にいるはずの設計者のトラヴィス・デイン博士の姿はなかった。人格に問題ありとみなされた彼は打ち上げを前に解雇され、それを苦に自殺したのだ。 一方、海軍を退役し、レストランのオーナーシェフとなっていたケイシー・ライバックは、疎遠になっていた姪のサラとの仲を修復するために北アメリカ大陸を横断する豪華列車の旅行を計画し、駅構内に来ていた。父親を亡くしたばかりのサラと久々の再会をするも、打ち解けずにそのまま列車に乗車する。列車には、二人の他にも「グレイザー1」を打ち上げたスタッフが乗車していた。列車は走り始め、しばらく平穏な旅が続いていたが、突如ハイテク機器を装備した数十人のテロリストに列車ごと占拠されてしまう。

妻と南仏で引退生活を送る元CIAの腕利き秘密工作員クイン。彼は宿敵であるテロリスト、スタブロスの逮捕に協力するためCIAに復帰するが、判断ミスで取り逃がし、脱出不可能の孤島に送られる。そこは世界各国の有能な工作員たちが秘密裏にテロリストの情報分析を行うためのシンクタンクだった。だが、出産直前の妻が人質になったことを知った彼は島を脱出。武器スペシャリストのヤズを仲間に妻を救出するためローマへ向かう・・・。