Seibei Iguchi is een arme samurai die na het overlijden van zijn vrouw in z'n ééntje voor zijn twee dochters en seniele moeder moet zorgen. Op een dag komt hij de mooie Tomoe, met wie hij is opgegroeid, tegen, die op de vlucht is voor haar ex-man, een samurai met veel aanzien.
Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.
De koele, meedogenloze Todoroki, baas van de Sukiyakai gang, vertelt Hiura dat hij hem adopteert als zoon. Reiji wordt de tweede bevelhebber van Hiura's nieuwe sub-bende. Dat lijkt reden voor feest, maar de Dragon Skulls bedreigen het grondgebied van Todoroki.
Een jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel keert Zatoichi terug naar het dorp Iioka om in de tempel te bidden voor de ronin Hirate Miki, die hij heeft vermoord. Maar de handlangers van een hooggeplaatste heer, die Zatoichi eerder had gemasseerd en zijn mentale handicap had ontdekt, zitten hem op de hielen. Om deze gênante onthulling te verdoezelen, huren de samurai Yakuza-baas Kanbei in om Zatoichi voor altijd het zwijgen op te leggen. Tot overmaat van ramp is Zatoichi's eigen broer Yoshiro ook in het dorp, op zoek naar Ichi. Zatoichi heeft ooit zijn eigen broer kreupel gemaakt in een geschil over een vrouw.
De ontdekking van het lijk van een jong meisje, gestorven door een illegale abortus, brengt Hanzo op het spoor van een perverse en demonische samenzwering. De top van het Shogunaat lijkt er bij betrokken te zijn, wat drastische gevolgen voor de natie kan hebben.
Een groep van drie Yakuza's heeft hun baas voor de laatste keer teleurgesteld. Nadat ze een belangrijke baan hebben verknald, geeft hun baas hen twee opties: óf ze plegen eervolle zelfmoord, óf ze gaan naar Thailand om een geslachtsaanpassende operatie te ondergaan en vrouwelijke idolen te worden! De drie beslissen uiteindelijk over het laatste. Nadat ze een jaar lang hun leven hebben gewijd aan het trainen van idolen, volgt hun eerste publieke optreden. En geheel onverwacht genieten de drie idolen een grote populariteit, tot hun eigen schrik uiteraard. En dat is nog maar het begin van de hele tragedie!
Wanneer er een geest opduikt bij de wateren rond de schatkamer van het Shogunaat, gaat Hanzo op onderzoek uit en ontdekt dat het een dekmantel is voor het smokkelen van goud. Wederom hangt er een waas van corruptie en samenzweringen om heen.
Een slechte agent gaat op een gewelddadige achtervolging om een yakuza-baas te pakken te krijgen. Tijdens zijn afwezigheid vlucht zijn vrouw met een andere man, die dezelfde man blijkt te zijn als hij achtervolgt. Als hij dit ontdekt, verliest hij zijn geduld en levert hij zijn badge in. De achtervolging verandert in een persoonlijke vendetta waarin de ex-agent van plan is de hele bende neer te halen.