剧情承接TV动画版第24集，《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に）（英语：NEON GENESSI EVANGELION:：END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）是《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于1997年7月19日在日本上映。包括了重新制作的第25、第26话。在这部剧场版中第25话的名字是“AIR”（天空），而副标题是“LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第26话的名字是“YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL：I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个“EYE - CATCH”镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。 影片分成“Air”与“真心为你”两个部分。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

西历2068年。银河边境的温德米尔王国和新统合政府的纷争,通过疾风和米拉洁所属的瓦尔基里队和战术音乐组合“ Walküre”的歌曲的力量来镇定。 Walküre在芙蕾雅的故乡温德米尔举办停战纪念LIVE_。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14 岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第三新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，NERV 的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的 NERV 总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶 EVA 初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅 14 岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。

在破晓起义(宇宙世纪0077年)事件发生之后，夏亚引咎退出军校并旅行到地球，遇到一个具有神秘力量的女孩 ─ 拉拉。 推动RX-78开发项目，阿姆罗·雷的父亲 ─ 提姆·雷引导米诺夫斯基博士的背叛，以此为导火线，在宇宙世纪0078年，历史上第一场在月球表面的机动战士对战以悬殊的比数12:0，吉恩大败地球联邦。同年10月24日吉恩共和国发表从联邦独立出来的宣言并改制为吉恩公国，并在宇宙世纪0079年1月3日正式向地球联邦宣战，开始一连串的袭击，动荡的时代开始，硝烟弥漫、烽火四起……。

2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（千叶繁 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……

1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室。安定后，辉发现救的是林明美。俩人相识后，为使明美高兴，辉偷开教练机带着明美去兜风。敌人趁机出现，好在朋友这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过来，发现在一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫"普罗多"的古代文明发展到顶盛时，已经可以借遗传密码无性繁殖后代，于是国家分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文化被遗忘殆尽，退化成了只会战斗的种族，为了维护和平，他们将会采取怎样的行动……

宇宙世纪0093年，成为新吉恩总帅的夏亚·阿兹纳布尔对依然被地球重力所束缚的人类灵魂感到绝望，决心以激烈的手段加以肃正。查知此事的地球联邦军王牌驾驶员阿姆罗·雷及其所属的朗德·贝尔舰队一起与夏亚所领导的新吉恩军展开最后的决战……

本作是以大地震之后荒废的未来日本和东亚细亚为舞台，描写主人公们的冒险故事。剧中有3名美少年角色，当然也有可爱的女性角色。在角色中使用了日本战国时期的武将的主题，3位主人公分别代表了当时的织田信长、羽柴秀吉、前田利家。

1999年的东京，一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。从建筑施工现场到人们的日常生活，处处都可以见到一种被称为“Labor”的大型机器人。面对Labor相关犯罪与日俱增的局面，警察局成立了特殊车辆二课，配备专门机器人PatLabor，负责处理特殊事务。Labor到了更新换代的时期，作为机器人大脑的电脑操作系统升级为HOS。正在这时，突然发生多起机器人失控事件，机动警察小队负责调查此事。他们发现这是由与HOS有关的电脑病毒所导致的，而肇事者已经销毁了所有资料行踪不明。在东京湾，制造巨型海上方舟以解决东京土地问题的巴比伦计划已经到了关键时刻，那里集结了全国45%的Labor机器人，这些机器人一旦失控后果将不堪设想……

人类第一次经历的大规模宇宙空间战争，就是地球联邦政府和吉恩公国之间曾经爆发的那场战争。 在战争的最后一年，人型机动兵器 —— Mobile Suit（即 MS）进入了实用期。之后又过了 10 年..... 宇宙历 UC0087 年。居住在地球上的人和居住在殖民卫星中的人之间的纷争依然硝烟未息，人们的灵魂至今依然没有摆脱地球引力的束缚...... 居住在殖民卫星グリーンノア２的少年卡缪—比坦，因为同联邦军军人发生争执，一怒之下夺走了新型 MS — 高达 Ｍｋ—Ⅱ。并加入了反地球联邦组织『奥古』。在高达 Ｍｋ—Ⅱ 被夺走后，联邦军的精锐组织『提坦斯』使出了将卡缪的双亲强行劫为人质的卑劣手段。结果，卡缪亲眼目睹了双亲在自己眼前死亡。此时，在卡缪身边的是大尉古华多洛—巴吉纳，这位就是前吉恩公国军队中的王牌机师夏亚—阿兹纳布鲁。他一直坚信军队的存在是必须。带着失去双亲的痛苦又马上加入『奥古』的卡缪，在突破大气层向地球降下的过程中，又遇见了一个男人。此人就是夏亚昔日的夙敌，传说中的男子阿姆罗-雷......

神崎瞳（坂本真绫 配音）出生在难能可贵的和平年代，然而，日复一日波澜不惊的生活却让她感到厌倦至极，甚至失去了生活下去的希望。在一场意外中，瞳被传送到了名为盖亚的异世界中，在这里，人们要抵抗的是来自强大黑龙族的破坏和攻击。而唯一能够拯救这个世界的，是名为梵（关智一 配音）的龙族后裔。 被传送到这个世界的瞳，见到了曾经在幻觉中出现过的龙之铠甲艾斯嘉科尼中，成为了人们眼中的救世主，背负上了拯救苍生的重任，而她和梵共同对抗的，竟然就是梵的哥哥。在激烈的交战中，瞳渐渐找回了活着的意义，而瞳的出现亦让一心求死的梵产生了活下去的勇气。

西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。 　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择……

就读不如归台高中一年级的麻中蓬，某日放学后偶然与自称『怪兽操控者』的谜样男子失马邂逅。此时，一只巨大怪兽突然现身城镇之中，失马随即变身为巨大机器人「DYNAZENON」迎战，麻中蓬与在场的同学们南梦芽、山中历、飞鸟川千濑等人因而被卷入这场激烈战斗之中，众人之后与失马一同组成「失马队」迎战接二连三来袭的怪兽……

公元2012年，MU族在东京降下，当时的驻日美军和日本自卫队联合对其进行进攻并在后期使用了战术核武器，结果是惨败，MU族使用TOKYO JUPITER割断了东京与外界的一切联系，地球上的国家组成了地球联合军与之对抗，但是在初期受到了MU的人形兵器的毁灭性打击，在TERRA成立之后，由于对MU的研究深入和科技发展，双方一度处于胶着状态，直到２０２７年，在TERRA组织的一次名为OVERLORD的渗入行动后神名绫人驾驶着RAHXEPHON投向地球联合阵线，才使这一切有所改变，旧世界毁灭新世界诞生的乐章就此开始演奏

故事以一个名为亚斯特拉纽斯银河中的“百年战争”为舞台，主角齐力可‧裘比被迫参与甚至不知目的为何的作战，并在执行任务作战时，命运般遇见了一名置于培养槽中的神秘女性“幽灵淑女”。在同僚的攻击下，齐力可屡次面临死亡危机，但却总是奇迹地捡回一条命，并逃亡到乌德街；但在那儿仍然被持续追杀。他历经地下赌博比赛“战斗竞技场”及库绵的内乱等战场，不断地追寻着自己一直被追杀的谜，还有幽灵淑女的身影，而在银河中流浪…

西历2059年，向着银河中心进发的Macross Frontier移民船团与宇宙生物Vajra的“Vajra战役”持续进行中。某日，Frontier船团民间军事会社S.M.S所属骷髅小队队长奥兹马·李与同僚鲍比·马尔格兜风时，遭遇了保存于某移民船团记录映像中的同Vajra完全不同的谜之生命体（其为超时空要塞7中的Gavil）。 怪鸟的袭击让奥兹马的车损毁，事后奥兹马发现了一盒被鲍比称为“VHS录像带”的存储媒介。奥兹马买来专用的播放设备，在卢卡的组装下得以观看录像带的内容。录像带内记录的是Macross 7船团的记录影像

21世纪初。世界因神秘生命体的攻击而遭受毁灭性破坏。主人公亚纳桂（アノウ・ケイ）所在的街道也被划为隔离封闭区域，不断受到自卫队的持续警戒。凯与青梅竹马的松户直树一同报名参加了政府认可组织【SPIRITS】的队员招募，并在那里遇到了神秘少女阿马拉。凯被她深深吸引……就在此时，凯成为了被称为“德瓦达西”的神秘机器人的驾驶员。面对自卫队无法对抗的神秘生命体，德瓦达西作为最终兵器，肩负着人类存亡的重任，现在正迎击敌人！！ 由“AIC”献上的全新感觉SF动画！！因神秘生命体的攻击，人类濒临灭绝危机的世界。凯报名参加了政府认可组织【SPIRITS】的队员招募。在那里，他遇到了神秘少女阿马拉，并被她吸引。就在此时，凯等人成为了唯一能对抗神秘生命体的“德瓦达西”的驾驶员……。