نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.

هویان سوی چین (جت لی) استاد هنرهای رزمی و مامر پلیس چین برای همکاری با پلیس فرانسه، وارد پاریس می شود. ولی ناگهان با توطئه ای که همکار فرانسوی او (چکی کاربو) تدارک دیده شده بود، روبرو می شود…

صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.

یک ماور سابق پلیس ( جت لی ) بخاطر اینکه به پدرش که یک تبهکار چینی بوده و نیز برادر کوچکترش اجازه داده که به سان فرانسیسکو فرار کنند به زندان می رود . پس از مدتی برادرش توسط یک گروه مافیایی به رهبری دلروی لیندو کشته می شود . لی از زندان می گریزد و به آمریکا می رود تا قاتل برادرش را یافته و از او انتقام بگیرد...