Any 1870. El capità Nathan Algren, un veterà de la guerra civil americana, va al Japó amb la missió d'ensenyar els japonesos com funcionen les armes que els venen els americans. La prioritat de l'emperador japonès, que vol modernitzar el seu país, és acabar amb els últims samurais. Katsumoto, l'últim líder d'aquest llinatge, captura el capità Algren, que ha resultat ferit. Durant la convalescència, Algren i Katsumoto establiran una relació que durà l'americà a aprendre el codi d'honor i les tradicions dels antics guerrers japonesos.

Una parella de policies de Nova York viatja al Japó per entregar un mafiós a la policia nipona, però aquest aconsegueix escapar-se. De manera obsessiva decideix quedar-se al Japó per capturar-lo, però xoca amb les tradicions del país.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…