ニューヨーク・マンハッタンのアパートに、大好きな飼い主ケイティと住むテリア犬のマックス。彼は散歩に行くと見せかけて連れてこられた病院で行動障害の専門医に診てもらうことに。自分に行動障害があると思ってもいなかったマックスは疑問をいだくが、待合室にいた猫が「おかしいのは人間の方」とマックスに話しかけ、飼い主がペットたちの本当の気持ちに気付いていないことを指摘する。

1939年のアメリカルイジアナ州ニューオーリンズで雑種のシェパード犬チャーリーとブルドッグのカーフェイスは犬用カジノを経営していた。しかし儲けの半分を分けることに嫌気のさしたカーフェイスはチャーリーとその相棒であるダックスフンドのイッチーを嵌めて犬用の刑務所に収監させてしまう。 その後チャーリーとイッチーは脱獄に成功しカジノに舞い戻るが、カーフェイスに嵌められたと気付いていないチャーリーはカーフェイスの策略により車と共に川に突き落とされ死亡する。死んだチャーリーは犬の天国に行くが、カーフェイスに対する復讐の捻により死に切れず命の時計を奪い下界に舞い戻る。

1876年。英国貴族のレオポルド公爵は、政略結婚の花嫁選びのためNYへ。不審な男を見つけた彼は、後を追ううちに現代へタイムスリップする。男は天才科学者スチュアートで、過去へ旅する方法を見つけたという。次のタイムトラベルが可能になるまでの1週間、スチュアートのアパートに滞在することになったレオポルド公爵は階下に住むキャリアウーマン、ケイトと知り合うが、彼女は浮き世離れした彼を売れない俳優と思い込む。

収穫祭の賞品として農場主アーサーにもらわれた子ブタのベイブ。牧羊犬の母犬フライはベイブに農場のルールを教えた上、自分の子供たちと同じようにベイブを可愛がってくれる。

見事に牧羊犬ならぬ牧羊豚となった『ベイブ』の続編。ここではベイブの不注意から、ホゲットさんの体が不自由になってしまう。牧場の仲間たちに後押しされて農場のピンチを救うため、ベイブはエズメおばさんと共に都会へ旅立つことを決意した。