A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik
Miután üzenetet kap arról, hogy öccsét, Freezát egy Szuper Saiya-jin ölte meg, Cooler elindul a Földre, hogy maga nézzen utána ennek az erőnek. Cooler megmutatja az ötödik átalakulását, amit Freeza soha nem ért el. Vajon Goku képes lesz-e újra átalakulni Szuper Saya-jinné és megmenteni a Földet Coolertől és az embereitől?
Egy távoli bolygó lakóinak sikerült megoldani a hulladéktárolás problémáit: az egészet energiává alakítva kisugározzák a világűrbe. A rendszerbe hiba csúszik és az egész "szállítmányt" véletlenül a Putterman család parabola antennája veszi a Földön. Azonban ez még nem okozna gondot, hiszen a szállítmányok általában csak szemetet tartalmaznak, ebben azonban egy hulladékevő szörny is volt, ami, hogy a hatalmas étvágyát csillapítsa, elkezdi felfalni a Putterman család tagjait. Sherman Putterman, a család legifjabb tagja az egyetlen, aki tisztában van a helyzettel, ám senki nem hisz neki. Vajon van-e még esély a Föld megmentésére?
Az Egyesült Államokba történt utazásuk során a két brit fickó, Gary és Ray véletlenül rábukkannak a szigorúan titkos katonai film egy részletére. A felvételek olyan információkat tartalmaznak a földön kívüliekkel kapcsolatban, amely alapvető kihatással lehet az emberiségnek a világmindenségben elfoglalt helyére. Amikor mindez napvilágra kerül, a média azonnal ráharap az ügyre, és ezzel együtt Gary és Ray személye is a reflektorfénybe kerül. Ám ők egy még nagyobb titok birtokában vannak. Ha kiderül az igazság, az életük veszélybe kerül.
Marslakó érkezik a Földre, méghozzá éppen egy hírre éhes tévériporter orra elé. Tim tudja: hanyatló karrierje mostantól csak felfelé ívelhet, hiszen exkluzív tudósítást készíthet az első földönkívüliről. A Marslakó azonban keresztülhúzza számításait: először láthatatlanná válik, aztán játékméretűvé zsugorítja össze űrhajóját, végül emberi alakot ölt, és mindenkinek Tim nagybácsikájaként mutatkozik be. Ráadásul Martin bácsi trükkjeivel csak Tim előtt produkálja magát, aki lassan beleőrül, hogy nem képes normális videofelvételt készíteni az idegenről...
Az ápolónő Jackie visszatér szülővárosába, hogy békét kössön haldokló apjával. Már csaknem elveszíti a reményt, amikor rendkívüli dolog történik. Az alkoholista és erőszakos apja megmagyarázhatatlan módon felépül betegségéből. Az eddigi ellenséges viselkedése pedig meleg és szeretetteljes lesz, és megpróbálja jóvátenni a múltbéli bűneit. Jackie örül, de furcsállja a dolgot. Később feltűnik neki, hogy a városban élő többi ember is egyre különösebben viselkedik. Miközben Jackie megpróbál választ találni az egyre sokasodó kérdésekre, szörnyű rejtélyre bukkan.