暴力、セックス、ドラッグ、殺しが蔓延る多国籍街・歌舞伎町。その一角にあるヤクザマンションと呼ばれるビルに事務所を構える安生組の組長が、組の資金3億円と共に姿を消した。若頭・垣原は組長捜しに乗り出すが、その時既に組長はヤクザ壊滅を企む謎の手配師・ジジイによってマインドコントロールされた、靴の踵に仕込んだ鉈を武器とする泣き虫の殺し屋・イチに殺されていた。そのことを突き止めた垣原は、組長の仇を討つべく手下の高山や会長・中沢、イチに過去の自分を投影する鉄砲玉の金子、双子のサド刑事・二郎と三郎、敵対する組の船鬼や鈴木ら周囲を巻き込んでイチ捜しを開始。だが、実は究極のマゾである彼の目的は、やがてイチの無情な殺戮方法に対する興味へと移行していく。そして、遂にイチを捜し出した垣原は、イチに痛めつけられる期待に胸を膨らませるのであったが、肝腎のイチは不甲斐なく彼の期待に応えてはくれなかった。そこで、絶望した垣原は自らの耳に針を刺し自分を痛めつけると、イチに倒される妄想を見ながら投身自殺するのであった。

伝説の怪物に目の前で息子をさらわれた農夫は、復讐を心に誓う。その翌日、高校のバスケットボール・チームとチアリーダーを乗せたバスが、パンクによって田舎町で立ち往生。そこへ怪物が現れ、一人また一人と殺されていく。

1962年。イタリアから希望の国アメリカに向けて出港したアントニア・グラーザ号。贅の限りを尽くしたこの豪華客船は、航海中に突然その消息を絶った。それから40年後の現在。海難救助用のタグボート”アーティスティック・ウォリアー”のクルーたちは、謎の男からベーリング海に浮かぶ巨大漂流戦のサルベージ依頼を受ける。その船こそが40年前に消息を断ったゴーストシップ＝アントニア・グラーザ号であることも知らずに……。一体この船で何が起きたのか？　乗船していた1,100人もの人間が忽然と姿を消したのはなぜか？　謎と恐怖が支配する、ゴーストシップへようこそ──。

幼い息子を死なせて以来、自殺ばかりを考えている解剖医・安藤。ある日、彼は謎の死を遂げた高山竜司の解剖を担当することになった。安藤と竜司は学生時代の同級生だった、竜司の体を解剖した安藤は彼の胃の中から暗号の書かれた紙片を見つける。それは安藤たちが学生時代に流行った遊びで、彼は「DNA　PRESENT」という言葉を読み取るのだった。そんな折、玲子が車の事故で息子の陽一と共に死んだという情報が安藤に入っ...