14歳の夏、リリィは10年前に自らの過ちで失った母親の過去を知るべく旅立ちを決意する。亡き母の面影を求めてたどり着いた養蜂場の3姉妹のもとでひと夏を過ごすことになったリリィは、そこでさまざまな形の愛情を見つけていく。

モーゼの十戒をテーマにした、ドリームワークスの超大作アニメーション。ホイットニー・ヒューストン&マライア・キャリー、2大ディーヴァによる主題歌も必聴。

前作『リトル・マーメイド』で結ばれたトリトンの末姫である元人魚―アリエルと海辺の王国の王子―エリックの間に、陸と海を繋ぐ子供―メロディが誕生した。メロディの誕生に沸き立つ中、アースラの妹―モルガナが現れ、自身が姉の代わりに海の支配者になると宣言して消えてしまう。それから12年、その身を案じられて海の世界に関する全てを秘されて育ったメロディは、母のアリエルが陸の世界に憧れた様に、海の世界に憧れていた。

6500万年前、巨大隕石の落下によって、恐竜世界と人間世界が2つに引き裂かれた。絶滅したと思われていた恐竜は進化し、独自の世界を地下に作り上げていった。 そして現代のニューヨーク・ブルックリン。ある1人の女性が教会の前で何かを置きその場を去って行く。それは1つの大きな卵と小さな石。教会のシスター達はこれらを拾う。シスター達の前で何と卵から人間の赤ん坊が生まれた。更に20年の時が経った。ブルックリンで配管工の仕事を請け負うマリオとルイージの兄弟は、地下の下水路で化石発掘を行う調査チームのリーダーであるデイジーと知り合う。ある日、マリオとルイージはデイジー、マリオの恋人ダニエラと外食を楽しむ。食事後マリオ達と別れたダニエラが突然2人の謎の男に誘拐され、その次にデイジーも誘拐されてしまった。マリオ達は後を追い地下を訪れた。そこではデイジーが謎の入り口に引きずり込まれ、マリオ達もその入り口に飛び込んだ。その先には広大な地下空間に広がる恐竜人の帝国を発見した。デイジーを探してさ迷う2人に、地下帝国の王クッパの手が迫る。