Η ιστορία κινείται γύρω από ένα χρυσόψαρο που το σκάει από το σπίτι της στη θάλασσα και καταλήγει αβοήθητη στην ξηρά. Ένα πεντάχρονο αγόρι που ζει σ’ένα λόφο την σώζει, την ονομάζει Πόνυο και υπόσχεται να την προστατεύει για πάντα. Στο μεταξύ, ο πατέρας της, αναστατωμένος που έφυγε η κόρη του, καλεί δαίμονες των κυμάτων για να τη φέρουν πίσω.
Ο Μίουτου είναι ένα πόκεμον που διαφέρει από τα υπόλοιπα. Στην πραγματικότητα είναι ο κλώνος του Μιού, όμως με την ίδια πανίσχυρη και ακατανίκητη δύναμη. Αρχικά οι άνθρωποι τον χρησιμοποιούν ως πειραματόζωο για το δικό τους συμφέρον λόγω της δύναμης του αλλά εκείνος επαναστατεί και καταστρέφει το εργαστήριο οπού βρισκόταν. Στην συνέχεια...
Σε μια εναλλακτική ιστορία της συνέπειας του δεύτερου παγκόσμιου πολέμου, η Ιαπωνία έχει χωριστεί στη μέση, με το νότο – Honshu και τα άλλα νησιά – να έχουν συμμαχήσει με τις Ηνωμένες Πολιτείες και το βόρειο νησί Hokkaido που προσαρτάται από μια αινιγματική Ένωση. Ήταν στο Hokkaido που χτίστηκε ένας μυστήριος πύργος, ένα σκέλος από μέταλλο που φθάνει επάνω από την ατμόσφαιρα, ορατό από τη βόρεια άκρη Honshu.Το 1996, τρεις έφηβοι, ο Hiroki, ο Takuya και η Sayuri, κάνουν μια συμφωνία – θα χτίσουν ένα πειραματικό αεροσκάφος, σχεδόν αόρατο στην επιτήρηση, θα διασχίσουν το Hokkaido και θα ξεκλειδώσουν τα μυστικά του πύργου. Το όνειρό τους δεν πραγματοποιήθηκε ποτέ, επειδή η Sayuri εστάλη στο Τόκιο για ιατρική περίθαλψη αφότου περιήλθε σε κώμα.