Dipimpin oleh Woody, mainan Andy hidup bahagia di kamarnya hingga ulang tahun Andy membawa Buzz Lightyear ke dunia hiburan. Karena takut kehilangan tempatnya di hati Andy, Woody berkomplot melawan Buzz. Namun, ketika keadaan memisahkan Buzz dan Woody dari pemiliknya, keduanya akhirnya belajar untuk mengesampingkan perbedaan mereka.

Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika para penguin merakit ulang sebuah pesawat yang hancur. Rakitan tersebut dapat mengudara sesuai dengan jarak ke benua Afrika. Di Afrika, mereka menemukan anggota lain dari spesies mereka. Afrika terbukti merupakan tempat yang liar, tapi Alex dan lainnya ingin tahu apakah Afrika lebih baik dari rumah mereka di Central Park.

Michael Newman yang kewalahan bekerja tak sengaja menemukan remote control universal yang mampu menghentikan sementara atau mempercepat episode-episode hidupnya.