C.C. Baxter és un modest però ambiciós empleat d'una companyia d'assegurances de Manhattan. Està solter i viu només en un discret apartament que presta ocasionalment els seus superiors per a les cites amoroses. Té l'esperança que aquests favors us serveixin per millorar la vostra posició a l'empresa. Però la situació canvia quan s'enamora d'una ascensorista que resulta ser l'amant d'un dels caps que utilitzen el seu apartament.
Després d'obtenir un èxit rotund, un director de cinema travessa una crisi de creativitat i intenta inútilment fer una nova pel·lícula. En aquesta situació, comença a passar revista als fets més importants de la seva vida ia recordar totes les dones que ha estimat.
Frankie Dunn ha entrenat i representat els millor boxejadors durant molts anys. Ara, ja gran, viu una existència solitària després de trencar la relació amb la seva filla. L'únic amic que té és l'Scrap, un exboxejador que té cura del gimnàs d'en Frankie. Un dia apareix al gimnàs Maggie Fitzgerald, una cambrera que vol canviar la seva vida a través de la boxa. En Frankie acceptarà, després de moltes reticències, d'entrenar-la.
La pel·lícula consta de nou trames paral·leles que tenen lloc a la Vall de San Fernando, a Los Angeles: un nen prodigi, el presentador d'un concurs de televisió, un exnen prodigi, un moribund, el seu fill perdut, la dona i el infermer del moribund. Són històries aparentment independents, però que guarden entre si una relació estranya. Magnolia és el retrat de la vida americana vist a través d'una sèrie de vinyetes còmiques i commovedores.
En Harold és un jove adinerat que viu amb la seva dominant mare una existència ociosa i insulsa. Obsessionat amb la mort, els seus passatemps favorits són experimentar les múltiples maneres de suïcidar-se i l'assistència a funerals de persones desconegudes. En una d'aquestes cerimònies troba la Maude, una anciana excèntrica que li descobrirà una nova manera de veure el món i l'ajudarà a viure la vida al màxim. Mentrestant, la mare d'en Harold decideix redreçar la conducta del seu fill i li organitzarà una sèrie de trobades amb noies de la seva edat.
Karol estima profundament Dominique, però el problema d'impotència sexual que pateix provoca el divorci. Una sèrie de penúries se succeiran a la vida de Karol, que es veurà obligat a tornar a la seva Polònia natal ia intentar guanyar-se la vida com pugui.
La Marnie és una dona emocionalment traumatitzada que roba a les empreses on treballa i menteix compulsivament. Canvia d'aspecte i d'identitat en cada nova ocupació per no ser descoberta. Quan es presenta a una entrevista de treball, l'empresari Mark Rutland la reconeix perquè un dels seus clients ha estat l'última víctima. Tot i saber com és la noia, la contracta i cada cop s'hi sent més atret. En Mark tractarà d'esbrinar les raons d'aquest comportament obsessiu i farà que s'enfronti al passat per guarir-la.