영화는 미군의 두리틀 공습으로 시작된다. 일본의 진주만 공격이 있은 지 6개월 후인 1942년 6월. 미드웨이 대 해전이 발발했다. 일본 해군의 미드웨이 침공작전을 알아내 미 해군은 전격적인 대비를 펼치지만, 목숨을 바치며 항고모함에 달려드는 일본 해군비행단의 공격앞에 미군은 큰 피해를 입는데.

제2차 세계대전 당시 미국은 일본과의 전투를 승리로 이끌어내기 위해 새로운 암호 체계를 만들어낸다. 미군이 선택한 것은 나바호 인디언의 복잡한 언어였고 나비호족의 도움으로 미군은 결국 누구도 해독할 수 없는 암호체계를 완성하는 데 성공한다. 미군의 교육을 받은 나비호 족은 사이판 전쟁에 투입되고 조 엔더스(니콜라스 케이지 분)는 나비호 족을 보호함과 동시에 비상사태시 그들을 죽여서라도 암호를 지켜야하는 임무를 부여 받는다.