47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...

Un millionnaire se retrouve seul sur un bateau à la derive en compagnie de la dame de ses rêves.

Un an après la défaite de Godzilla aux mains de MechaGodzilla, le Japon répare Kiryu (le nom donné à Mechagodzilla) et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites jumelles qui parlent au nom de Mothra, de vieilles connaissances puisqu'il les a rencontrées il y a 43 ans. Elles rappellent que Kiryu est bâti sur le squelette du Godzilla original et que ses os devraient reposer en paix. Si les autorités s'entêtent à utiliser le robot, Mothra ne viendra pas les aider si Godzilla refait surface et pourrait même devenir ennemie de l'humanité.

Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

1964. Une guerre atomique a ravagé presque toute l'hémisphère nord de la planète. Un sous-marin américain fait alors escale en Australie. Mais les retombées radioactives se rapprochent lentement...

Les habitants de la cité engloutie de Mu, disparue voilà 12000 ans, ont décidé d'investir la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du Professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la deuxième guerre mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque et sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume...

Une équipe scientifique sous-marine fait face à un tremblement de terre. Sous l'eau, ils vont devoir essayer de survivre.

Une crise gravissime éclate entre la Chine et les États-Unis, à la suite de l'invasion de Taïwan par les Chinois. L'éventualité d'une guerre atomique plane sur le monde. L'irréparable se produit en effet et l'Amérique est rayée de la carte. Lors du désastre, le sous-marin américain "le Charleston" était en plongée. Le commandant Dwight Towers et son équipage sont donc les seuls américains encore en vie. Au bout de plusieurs mois, le taux de radioactivité ayant fini par baisser, le sous-marin peut enfin remonter à la surface. Il se dirige vers l'Australie, qui est encore épargnée, mais pour quelques semaines seulement, en raison de la progression rapide du nuage radioactif...

Acculé par son patron qui ne croit pas en son projet, Fred Miller, le concepteur d'une habitation sous-marine révolutionnaire, parvient à convaincre sa famille, à savoir sa femme qui a peur de l'eau et ses enfants qui composent des tubes pop, de vivre dans son invention durant un mois, en y incluant le reste du groupe musical. Même un collègue peu scrupuleux, une bande de requins, un ouragan déchaîné, un producteur de disques trop enthousiaste, une émission de télé, voire la marine américaine ne seront pas de taille à détourner la famille Miller de ses objectifs...

1896, le professeur Aitken et son fils Charles partent en expédition sur un navire américain afin de tester une cloche expérimentale inventée par un ingénieur nommé Greg Collinson, qui fait également parti du voyage. Après avoir subi l'attaque d'un monstre marin préhistorique, c'est finalement une pieuvre géante qui va les entraîner dans les profondeurs jusqu'à Vaar, l'une des 7 cités enfouies d'Atlantis.

Un monstre mi-homme, mi-poisson, sème la terreur après avoir été capturé.

Un groupe d'aventuriers renfloue un sous-marin allemand de la Seconde Guerre mondiale et se prépare à l'utiliser pour l'attaque à main armée en haute mer du paquebot de croisière de luxe : Le Queen Mary .

Le commandant de sous-marin Pete Mathews et les scientifiques Lesley Joyce et John Carter mènent une lutte acharnée contre un monstre marin tiré des profondeurs de l'océan par l'explosion d'une bombe H. A la recherche de nourriture non contaminée, cette pieuvre géante compte sur ses victimes; un navire marchand et son équipage, une famille à la plage, plusieurs grate-ciel à San Fransisco et même le Golden Gate Bridge! Une incroyable tentative menée par les scientifiques pour détruire le monstre tout en veillant à rester en vie vous tiendra en haleine jusqu'à la fin de cette aventure aquatique

Un sous-marin nucléaire est chargé de traquer une soucoupe volante qui attaque la Terre pour des raisons inconnues. Ce sous-marin est équipé de nouvelles technologies, et les meilleurs scientifiques se trouvent à son bord.

En 1903, embarqués sur un petit bateau, un marin et deux jeunes gens sont happés par le courant de la marée. Ils sont entraînés dans une espèce de tunnel formé par les eaux et débouchent dans une cité mille lieux sous les mers. Cet empire perdu peuplé d'habitants parfaitement capables de respirer sous l'eau est dirigé par un capitaine immortel. La cité est alimentée en électricité par un volcan sous-marin. Mais la ville est en proie à de terribles malédictions et les trois aventuriers doivent absolument trouver le moyen de remonter à la surface pour échapper au contrôle du capitaine ....

Quand un submersible de la dernière génération, le «Siren 1» disparaît soudainement dans les profondeurs de l'océan, le gouvernement fait appel au concepteur de l'appareil, Wick Hayes, pour découvrir ce qui a pu arriver. Hayes prend ainsi place à bord du «Siren II», en compagnie du capitaine Phillips et du lieutenant Nina Crowley, qui n'est autre que son ex-épouse. Mais à des kilomètres sous la surface, ils vont faire la rencontre de dangereuses créatures.