De film volgt het verhaal van Sugi Toranosuke, een ronin, die vele jaren na zijn zelfmoordpoging als ziekelijk kind terugkeert naar zijn geboortestad Edo. Gered en geadopteerd door een meester zwaardvechter, is hij uitgegroeid tot een meester zwaardvechter en een zeer vriendelijke heer. De tijd ligt rond 1868, het jaar waarin de spijkers eindelijk in de kist werden geslagen waarin het feodale systeem zat dat de samoerai voedde en in stand hield. Sugi is in de war en onzeker over wat er gebeurt, maar zijn leraar wil hem uit de chaos van de meervoudige machtsstrijd tussen de verschillende clans halen.

Ichi reist naar het dorp Itakura om zijn respect te betuigen bij het graf van Kichizo, een man die hij twee jaar geleden heeft vermoord. Wanneer er tijdens het transport naar de gouverneur wat belastinggeld wordt gestolen, wordt hij beschuldigd en gaat hij op zoek naar het geld en zijn naam te zuiveren.

De oude maar nog steeds ronddolende blinde masseur Zatôichi is op zoek naar rust, en hoopt die te vinden bij de vriendelijke bewoners van het dorp Edo. Als twee rivaliserende Yakuza-clans met elkaar in conflict komen, raakt Zatôichi toch weer betrokken bij het door hem zo verafschuwde geweld.

Koningin Yun regeerde samen met koning Sunjong sinds ze nog maar 13 jaar oud was. Ze verborg de koninklijke zegels die nodig waren om een ​​overeenkomst tussen Korea en Japan te voltooien die tot de annexatie van Korea zou leiden. Haar patriottische vertoon levert haar echter veel vijanden op.