物語は、あのアパートでの惨劇の直後から始まる。完全隔離されたアパートに、ある特命を受けた医師と武装した警官隊が突入する。それぞれヘルメットにCCDカメラを装着した彼らは、感染者たちの襲撃に怯えながらアパートの最上階へと向かう。僅かに生き残った者が、“感染”の深層部であろう最上階の部屋で見たものとは…。

ダミアンは彼の養父母の死後、ロバート・ソーンの弟リチャード夫妻に引き取られ養子として暮らしていた。 ダミアンはリチャードの子マークと共に陸軍士官学校へ通い始める。ダミアンの正体を探る神父ブーゲン ハーゲンよりダミアンの正体を知ったリチャードの伯母はダミアン殺害を謀るが惨たらしく事故死してしまう。 この頃から再びダミアン以外のソーン一族が変死しはじめるのだった。ダミアン自身も自分の周りで起こる怪異や 自分に備わっていく不思議な力に戸惑い悩んでいくが、行く先々で彼に尊敬の念を持つ狂信的な人々に支えられ て行く。ダミアンを引き取ってから周りで起こる怪異に、伯母がかつて言っていたダミアンのばかげた正体 に確信を得るためブーゲンハーゲン神父を尋ねるリチャードだったが神父は既に亡くなっており彼の遺品を 調べていくなかで恐ろしいダミアンの正体を信じることとなってしまう。

更生施設でカウンセラーとして働くマギーはある日、眠りを拒む少年・ジョンと出会う。彼からエルム街の悪夢や殺人鬼・フレディについて聞いたマギーは、その話と自分が見た悪夢が似ていることに気づき、悪夢の秘密を解くため、ジョンが話していた町に向かう。