'미져리'란 이름의 순애보적 여인상을 등장시킨 대중 소설 시리즈로 여러해 동안 인기를 누려온 소설가 폴 셸던(제임스 칸)은 연작 속의 여주인공이 죽는 마지막 완결편을 끝으로 시리즈를 마감하고, 오랫 동안 쓰고자 했던 진지한 작품 완결 후 차를 몰아 뉴욕을 출발한 폴은 산 길을 채 벗어나기도 전에 휘몰아쳐 온 눈보라를 만나 길 밖 벼랑으로 핸들을 꺾고 만다. 심한 부상으로 의식 불명이 된 폴을 때마침 구해내는 수수께끼의 인물 애니 윌킨스(캐시 배이츠)는 미저리 시리즈의 애독자로 폴의 재능을 동경해 온 간호사 출신의 여자다. 애니의 집으로 옮겨져 그녀의 헌신적인 간호로 의식을 회복하는 폴. 그러나 그의 몸은 양다리가 참혹하게 부러지고 어깨마저 심하게 다친 처참한 상태다. 애니는 눈보라로 길이 막혀 그를 병원에 데려가지 못했으며 전화마저 불통이어서 외부에 아무런 연락도 취하지 못하고 있다고 말한다. 그러나 눈이 녹고 길이 뚫려도 애니는 폴을 병원에 보내기 위한 아무런 조치도 취하지 않는다. 마을에 나가 미저리 시리즈의 최신판을 사다 읽은 애니는 마지막에 미저리가 죽는다는 걸 알고 폴에게 분노의 광기를 발산하는데...

아홉 살 베니가 사랑을 찾아가는 거친 여정. 길들지 않은 그녀의 에너지는 주변에 있는 모든 사람을 절망에 빠뜨린다. 베니는 끝없이 집으로 돌아가고 싶다. 그러나 베니의 소망은 허락되지 않는다.

폴리네시아에 거대한 태풍이 오고, 인펀트 섬에 있던 모스라의 알이 이 때문에 바다로 떠내려가고 만다. 모스라의 알은 일본 시즈노우라 앞바다까지 떠밀려온다. 거대한 모스라의 알은 화젯거리가 되고, 신문기자 사카이 이치로는 알을 취재하기 위해 온다. 그러나 해피 공업의 쿠마야마라는 사람이 나타나 자신이 알을 최초 발견자로부터 샀으니 알에 대한 권리는 모두 자기에게 있다며 알을 조사하는 과학자와 기자들을 모두 쫒아낸다. 해피 공업은 모스라의 알을 구경거리로 삼아 돈을 벌 생각이었다. 이들 앞에 소미인이 나타나 알을 제발 돌려달라고 부탁하지만, 쿠마야마와 해피 엔터프라이즈의 사장은 소미인도 잡으려고 든다. 도망친 소미인들은 이번에는 사카이 일행의 앞에 나타나 모스라의 알을 되찾는 것을 도와달라고 부탁한다. 사카이 일행은 소미인들과 함께 해피 공업에 정식으로 찾아가 모스라의 알을 돌려달라고 요청하지만 매몰차게 거절당한다. 실망한 소미인들은 모스라와 함께 인펀트 섬으로 돌아간다. 한편, 간척사업이 진행중인던 땅에서 방사능이 검출되고 이곳을 취재하러 간 사카이 일행은 땅 속에서 고지라가 솟아오르는 것을 목격한다. 킹콩에게 패배해 바다로 떨어졌던 고지라가 다시 깨어난 것이다. 고지라는 요코하마로 향하며 중공업지대를 파괴한다.

미국 텍사스주 럭스빌에서 연쇄살인 혐의를 받고 있던 살인마 가족 파이어플라이 일가의 저택이 와이델 보안관과 산하의 텍사스 경찰들에게 기습당한다. 엄마 파이어플라이는 체포되지만 오티스와 베이비는 포위망을 뚫고 탈출, 일당인 스폴딩과 사막의 한 모텔에서 만나기로 약속한다. 그 와중에도 사람들을 납치해 감금, 폭행, 고문, 살해 등을 일삼는 가운데, 파이어플라이 일당들에게 가족이 살해당해 개인적인 원한이 있는 와이델 보안관은 이들 살인마 가족을 체포해 죽이겠다고 다짐하는데...

건축가인 딘(Dean Conrad: 크리스 이삭 분)의 집으로 어느 날 노부(Lama Norbu: 루오쳉 잉 분)라고 하는 티벳 승려가 찾아와 딘의 아들 제시(Jesse Conrad: 알렉스 위젠댄거 분)가 자신의 스승인 도제 스님(Lama Dorje: Ven. Geshe Tsultim Gyelsen 분)으로 환생한 아이일지도 모른다며, 제시를 부탄으로 데려가 환생 여부를 확인하게 해달라고 한다. 딘과 아내 리사(Lisa Conrad: 브리짓 폰다 분)는 인간이 환생한다는 말을 믿지 않았고, 제시가 혼란에 빠질까봐 걱정하면서도 승려들에게 호감을 느낀다. 그러던 중 딘의 절친한 친구가 파산하고 죽는 사고가 발생하자, 딘은 마음을 정리하기 위해 제시를 데리고 부탄으로 간다. 한편, 제시는 티벳 승려 노부가 준 '싯달타 왕자의 이야기'라는 책을 통해 싯달타(Siddhartha: 키누 리브스 분)가 왕자로 태어나서 행복한 나날을 보내다가 거리에서 생노병사의 고통을 보고 출가하여 부처님이 되기까지는 '중도'의 진리였으며, 이 세상의 모든 것은 인연에 따라 생겨났다 없어지는 무상한 것이기 때문에 거기에 집착하지 않아야 한다는 것과 연민과 사랑으로 주변을 대해야 한다는 것을 배우게 된다. 부탄에 도착하자 노부 스님은 환생 후보가 모두 세 사람이라며 나머지 환생 후보인 라주(Raju: 라주 랄 분)와 지타(Gita: Greishma Makar Singh 분)를 제시와 만나게 해준다. 사원에서 환생 여부를 확인하는 절차에서 세 아이가 모두 환생한 도제 스님으로 밝혀지는데...