'헬보이' 자신이 소속된 B.P.R.D의 임무로 영국의 한 비밀 단체의 괴수 사냥을 도우러 갔지만 되려 공격을 당하고, 곧 영국에서 어마어마한 일이 벌어지고 있다는 것을 알게 된다. 서기 566년, 아서왕에게 패하고 몸이 7조각으로 나뉘어 봉인된 '블러드 퀸'을 다시 부활시켜 인류를 파멸시키려는 초자연적 빌런들에 의해 영국은 물론 전 세계가 위험에 빠지게 된다. 헬보이는 이들에 맞서 인류를 위험으로부터 구해야만 하는데…

맥스(Max Donigan: 척 노리스 분)와 리오(Leo Porter: 루이스 고셋 주니어 분)는 친구 사이로서 수많은 모험을 즐기며 사는 젊은이들이다. 최근 중동의 사막지에서 구사일생으로 살아 돌아온 그들은 그런 생활을 관둘까 생각하고 있던 중에 패트리샤(Patricia Goodwin: 멜로디 앤더슨 분)라는 미모의 아가씨가 그들 앞에 나타나 한장의 보물 지도를 보여주며, 신비한 인디언 전설과 함께 엄청난 보물이 숨겨져 있다는 얘길한다. 그러면서 그녀는 둘에게 보물을 찾으면 50대 50으로 나누는 조건으로 함께 모험의 길을 떠날 것을 제의한다. 리오는 약간 내키지 않으나 맥스가 강권하여 둘은 승낙한다. 그러나 그 순간부터 세 사람은 인디언들의 표적이 되어 위험한 고비를 숱하게 넘기게 된다. 지도에 적힌 동굴에 도착한 일행은 황금대신 한 자루의 신비한 단검을 입수한다. 인디언 예언가 톨 이글(Tall Eagle: 윌 샘슨 분)의 도움으로 인디언들의 저주를 모면한 일행은 동굴에서 얻은 정보를 토대로 금을 찾아 산 미구엘로 간다. 그때부터, 불의 전사의 후예라는 엘 코요테(소니 랜담 분)의 끈질긴 추적을 받으며, 중남미의 불안한 사회환경 속에서 숱한 죽을 고비를 넘긴 끝에 마침내 사원에 도착하나 엘 코요테의 함정에 빠져 최대의 위기에 빠지나 모험으로 단련된 이들은 엘 코요테를 물리치고 엄청난 황금을 손에 넣는데...