Co by się stało, gdyby Shiroyasha nigdy nie nie istniał? I co się stało z Yorozuya? Edo jest zamieszane w chaos, który powstał przez nieznaną przyczynę. Sakata Gintoki żyje teraz w świecie, gdzie przyszłość została zmieniona bez niego. Teraz jako duch z przeszłości, po raz kolejny musi udźwignąć ciężar i uratować swych przyjaciół. Podejmie się jak dotąd najtrudniejszej misji.
Sanjuro to samotny, wędrowny samuraj, starający się wraz z młodymi wojownikami walczyć z korupcją i zdradą.Ratując kanclerza porwanego przez złego generała, Sanjuro staje się mentorem, godnym naśladowania dla młodych samurajów.
XVI-wieczna Japonia. Shingen, przywódca klanu Takeda, mający opinię niezwyciężonego, podczas oblężenia zamku Noda zostaje śmiertelnie ranny. Wiedząc, że jego syn Katsuyori nie posiada takiego jak on autorytetu i może doprowadzić do upadku rodu, umierający Shingen nakazuje utrzymać fakt swojej śmierci w tajemnicy. Jego miejsce ma zająć w tym czasie sobowtór. Wybór pada na Kagemushę. Mistyfikacja zostaje przeprowadzona z powodzeniem. Jednak wkrótce szpiedzy zaczynają coś podejrzewać.
Tom Cruise wciela się w rolę kpt. Nathana Algrena, bohatera Wojny Secesyjnej, który wyrusza do Japonii, by walczyć przeciwko Samurajom. Po pewnym czasie staje się jednak ich sprzymierzeńcem. Ken Watanabe (wyróżniony nominacją do Oscara®) gra Katsumoto, przywódcę Samurajów, których wspaniała kultura powoli odchodzi w zapomnienie. Jego losy nierozerwalnie splatają się z losami amerykańskiego kapitana.
Japonia, XIX wiek. Zatoichi (Takeshi Kitano) to niewidomy tułacz, który zarabia na życie, uprawiając hazard i dorabiając jako masażysta. Ale za tą fasadą kryje się Zatoichi-mistrz miecza, obdarzony błyskawicznym refleksem i cięciami zapierającymi swą precyzją dech w piersiach. Zatoichi dociera do odległego górskiego miasteczka opanowanego przez gang Ginzy (Ittoku Kishibe). Bezwzględny Ginzo pozbywa się każdego, kto stanie mu na drodze, szczególnie skutecznie, odkąd zatrudnił Hattoriego (Tadanobu Asano), potężnego samurajskiego ronina. Wkrótce złowrodzy najemnicy Ginzy zaczynają polować na Zatoichiego. Ze swoim legendarnym mieczem u boku Zatoichi podąża ścieżką swego przeznaczenia.
Japonia, rok 1614. Dwa rywalizujące ze sobą od setek lat rody ninja (shinobi), zostają zmuszone przez shoguna do stoczenia walki na śmierć i życie. Każdy z rodów wystawia do pojedynków pięciu najlepszych wojowników ninja, dysponujących unikalnymi i jedynymi w swoim rodzaju, nadludzkimi umiejętnościami.
Schyłek XIX wieku. Japonii zagrażają Amerykanie. Przywódca klanu Annaka wydaje rozkaz, by podlegający mu samuraje wzięli udział w maratonie. Udział w wyścigu ma wybudzić mężczyzn z marazmu, w który dumni wojownicy popadli w czasie pokoju. Nagrodą w morderczym wyścigu jest spełnienie jednego życzenia.
Część dwunasta (ostatnia) przygód niezwyciężonego ronina o imieniu Nemuri Kyoshiro.