Le film se déroule durant l'hiver 1943, dans une France occupée. Julien qui a 12 ans, fils d'une famille bourgeoise, est pensionnaire au petit collège Saint Jean de la Croix, tenu par les pères carmes. Il retrouve le chemin de l'école sans joie après les vacances de Noël, pour le deuxième trimestre. Une rentrée presque comme les autres jusqu'à ce que le père Jean vienne présenter trois nouveaux élèves. L'un d'entre eux, le jeune Jean Bonnet, est le voisin de dortoir de Julien.

Le 20 janvier 1942, à Wannsee, dans la banlieue de Berlin, des hauts dignitaires nazis, sous la présidence de Reinhard Heydrich, tiennent une réunion secrète. Ces hommes discutent des modalités de l'organisation administrative et logistique de la « solution finale à la question juive », c'est-à-dire la planification de l'exécution systématique de millions de juifs européens dans les centres d'extermination.

1941, dans un village juif d'Europe de l'Est. Schlomo, le fou du village, arrive essoufflé devant le conseil des sages pour leur annoncer une terrible nouvelle : les Allemands tuent et déportent vers des destinations inconnues tous les habitants juifs des shtetls voisins. Le conseil se réunit et après maintes querelles, une idée jaillit de la bouche même du fou : pour échapper aux nazis, ils organiseront un faux train de déportation !

Au cours de la Seconde Guerre mondiale dans une petite ville slovaque, le menuisier Brtko est obligé, presque contre son gré, de s'approprier la boutique d'une vieille dame juive. Quand l'ordre est donné d'évacuer les juifs, Brtko décide de sauver la vieille dame. Oscar du meilleur film étranger à Hollywood.

Otto Frank est le seul de sa famille à avoir survécu à la déportation. Il revient en pélerinage dans le grenier d'Amsterdam où il s'est cache durant deux ans avec sa famille et découvre le journal où sa fille, Anne, tenait une correspondance avec une amie imaginaire.

En montrant les vestiges existants sur le terrain, Auschwitz Projekt présente la première opération de grande envergure visant l'aménagement territorial de l'Europe de l'Est annexé au Grand Reich. Ici sont réunies toutes les politiques mises en oeuvre par l'État nazi : la politique territoriale, la politique démographique et raciale, la politique concentrationnaire, la politique d'extermination, la politique industrielle, la politique agricole et celle de la recherche scientifique. Auschwitz est en réalité l' « immanence incandescente » du projet hitlérien.

Durant la Seconde Guerre mondiale, en Allemagne. Kurt Gerstein, médecin en poste à l'institut d'hygiène de la Waffen SS, devient le superviseur de l'approvisionnement en gaz Zyklon B des camps de la mort nazis. De passage à Auschwitz, il découvre, horrifié, la terrible réalité des chambres à gaz. Chrétien convaincu, il décide de porter témoignage, de se faire « espion de Dieu » pour alerter la communauté diplomatique internationale. Aidé par un jeune prêtre italien, il tente surtout de prévenir le Vatican, certain alors de pouvoir stopper ces trains qui alimentent chaque jour les camps en milliers de vies humaines. Inlassablement, jour après jour, sans se décourager, au péril de sa vie, Gerstein poursuit son entreprise de dénonciation, accumulant les documents et les preuves matérielles, s'enfonçant dans le double jeu et le désespoir…

Au matin du 20 janvier 1942, une quinzaine de dignitaires du IIIe Reich se retrouvent dans une villa cossue, conviés par Reinhard Heydrich à une mystérieuse conférence. Ils en découvrent le motif à la dernière minute : ces représentants de la Waffen SS ou du Parti, fonctionnaires des différents ministères, émissaires des provinces conquises, apprennent qu’ils devront s’être mis d’accord avant midi sur un plan d’élimination du peuple juif, appelé Solution Finale. Deux heures durant vont alors se succéder débats, manœuvres et jeux de pouvoir, autour de ce qui fera basculer dans la tragédie des millions de destins.

Le film fut à l’origine tourné avec une bande son en allemand pour être projeté dans l’Allemagne et l’Autriche occupées. Il s’agit du premier documentaire montrant ce que les Alliés découvrirent lorsqu’ils libérèrent les camps d’extermination nazi : les survivants, les conditions de vie, et la preuve d’un génocide. Le film fait état des aspects économiques de l’opération des camps. Des membres du personnel de ceux-ci, faits prisonniers, y sont interrogés. Et l’on y voit la visite forcée des habitants de villes voisines qui, de même que leurs compatriotes, sont accusés de complicité dans les crimes nazi – c’est l’une des rares condamnations de cette sorte enregistrées dans les archives alliées de la Seconde Guerre mondiale.

1964. Les allemands ont gagné la Seconde Guerre mondiale. On s'apprête à fêter les soixante-quinze ans du Führer Adolf Hitler, et pour cet événement, le président du dernier pays à ne pas s'être soumis à la domination allemande, les États-Unis, s'apprête à signer un traité de paix, ce qui aurait assis définitivement l'emprise du Troisième Reich sur le monde. Lorsque le Sturmbannführer Xavier March est chargé d'une enquête sur deux morts, anciens hauts dignitaires, et qu'il est stoppé dans son investigation, il flaire le mauvais coup. Aidé de son collègue Max Jaeger et d'une journaliste américaine, Charlie Maguire, il va découvrir la face cachée de l'Allemagne et devenir un homme traqué.

Après les rafles de juillet en zone occupée, le gouvernement français a offert aux allemands de leur livrer 10 000 Juifs raflés en zone libre. Tous les préfets de France ont livré leur quota à l'exception du préfet de Corse. Sur les 10 000 Juifs raflés durant cette période, 270 reviendront des camps d'Auschwitz et de Blechhammer.

Fondée en 1912 à Saint-Pétersbourg par des médecins juifs et réfugiée à Paris en 1933, l'Œuvre de secours aux enfants (OSE) a très vite mis en œuvre une véritable opération de sauvetage pendant la Seconde Guerre mondiale.