Στην Αίγυπτο, αιώνες πριν, ο Φαραώ Σέτι διέταξε να πνιγούν όλα τα αρσενικά μωρά των εβραίων. Μια απελπισμένη μητέρα βάζει το δικό της μωρό σε ένα καλάθι και το αφήνει στο ποτάμι για να αποφασίσει ο Θεός τι θα απογίνει. Το καλάθι το βρίσκει η βασίλισσα και φέρνει το μικρό Μωυσή σαν αδερφό στο γιο της και διάδοχο του θρόνου, Ραμσή. Τα δυο αγόρια μεγαλώνουν μαζί αρμονικά μέχρι τη στιγμή που ανακαλύπτεται η πραγματική ταυτότητα του Μωυσή και η αποστολή του να οδηγήσει τους ανθρώπους του στη Γη της Επαγγελίας.

Η ζωή στο Βυθό του Μπικίνι δε θα μπορούσε να είναι καλύτερη για τον αιώνια αισιόδοξο Μπομπ Σφουγγαράκη και τους φίλους του: τον πιστό αστερία Πάτρικ, τον σαρδόνιο Καλαμάρη, την επιστήμονα σκίουρο Σάντι και τον οστρακόδερμο καπιταλιστή κύριο Καβούρη. Όταν, όμως, κλέβουν τη σούπερ μυστική συνταγή της Καβουροπάτη, οι αιώνιοι αντίπαλοι, ο αθώος και αφελής Μπομπ Σφουγγαράκης και ο κυνικός Πλαγκτόν, πρέπει να συνεργαστούν σε ένα ταξίδι στο χώρο και στο χρόνο και να τιθασεύσουν τις εσωτερικές τους υπερδυνάμεις ώστε να πολεμήσουν τον σατανικό πειρατή Μπεργκερογένη με τα ίδια του τα σχέδια για τις νόστιμες λιχουδιές.