Dette er den utrolige historien om to brødre, den ene født av kongelig blod, den andre er foreldreløs med en skjult fortid. De vokser opp og blir de beste venner, knyttet sammen med sterke bånd av frisinnet ungdommelighet og sunn rivalisering. Men sannheten setter dem opp mot hverandre når den ene blir hersker over verdens mektigste imperium, og den andre blir valgt til leder for sitt folk. Den uungåelige konfrontasjonen mellom dem vil for alltid forandre deres liv - og verden.

Piraten Burgerskjegg (Antonio Banderas) er på jakt etter den siste siden i en magisk bok, som kan gjøre alle de onde planene hans til virkelighet. Men den manglende siden viser seg å være den hemmelige oppskriften til Krabby Patty. Når Burgerskjegg stjeler den, bryter det ut fullt kaos på Bikinibunnen. SvampeBob, Patrick og resten av gjengen må begi seg opp til overflaten for å finne igjen oppskriften og redde byen sin. Den eneste måten de kan bekjempe Burgerskjeggs skurkete planer, er ved å forvandle seg til superhelter ved hjelp av den magiske boken.