Η 10χρονη Τσιχίρο και οι γονείς της κατευθύνονται προς το νέο τους σπίτι στα προάστια, όταν ο πατέρας της αποφασίζει να κόψει δρόμο μέσα από ένα ερημικό δρομάκι. Η οικογένεια χάνεται σε ένα παράξενο τούνελ, που οδηγεί σε μια έρημη πόλη-φάντασμα και όπου, μυστηριωδώς, οι γονείς της Τσιχίρο θα μεταμορφωθούν σε γουρούνια. Η μικρή θα προσπαθήσει να λύσει τα μάγια, αντιμετωπίζοντας μάγισσες, πνεύματα και κάθε λογής θαύματα, με τη βοήθεια του Χάκου, ενός παράξενου παιδιού...
Σε μια αρχαία εποχή, σε μια γη που καλύπτεται από δάση, κατοικούν τα πνεύματα των θεών. Τότε, τα κτήνη και οι άνθρωποι συνυπήρχαν αρμονικά, όμως τα δάση με το πέρασμα του χρόνου απειλήθηκαν με συρρίκνωση. Αυτά που επιβίωσαν φυλάγονταν από τεράστια κτήνη που χρωστούσαν τη σύμπνοιά τους στο Θεό του Δάσους, γιατί τότε ήταν μια εποχή θεών και δαιμόνων.
Ένα νεαρό αγόρι πέφτει πάνω σε ένα μυστήριο κορίτσι που κυριολεκτικά κατρακυλάει από τον ουρανό. Το κορίτσι, η Σίτα, είναι κυνηγημένο από πειρατές, πράκτορες της κυβέρνησης και το στρατό. Για να σώσουν τη ζωή της, οι δυο τους θα ζήσουν μια περιπέτεια με μέσο κάθε ιπτάμενη μηχανή που μπορεί κανείς να φανταστεί. Στόχος να βρουν ένα μετέωρο κάστρο ενός χαμένου πολιτισμού.
1000 χρόνια μετά από έναν Παγκόσμιο Πόλεμο, ένα παραθαλάσσιο βασίλειο γνωστό ως Η Κοιλάδα των Ανέμων παραμένει ένας από τους λίγους κατοικήσιμους τόπους. Με αρχηγό τη γενναία πριγκίπισσα Ναυσικά, οι κάτοικοι της Κοιλάδας, πολεμούν συνεχώς τα παντοδύναμα έντονα Όχμου φυλακές της δηλητηριώδους ζούγκλας που κατακλύζει τη Γη. Η Ναυσικά και οι θαρραλέοι ακόλουθοί της πολεμούν για να ζωντανέψουν το σύνδεσμο της ανθρωπότητας με τη Γη.
Η ιστορία κινείται γύρω από ένα χρυσόψαρο που το σκάει από το σπίτι της στη θάλασσα και καταλήγει αβοήθητη στην ξηρά. Ένα πεντάχρονο αγόρι που ζει σ’ένα λόφο την σώζει, την ονομάζει Πόνυο και υπόσχεται να την προστατεύει για πάντα. Στο μεταξύ, ο πατέρας της, αναστατωμένος που έφυγε η κόρη του, καλεί δαίμονες των κυμάτων για να τη φέρουν πίσω.
Ο Ας πρέπει να εμποδίσει έναν ασυνείδητο συλλέκτη πόκεμον να συλλάβει τρία μυθικά πουλιά που διατηρούν την ισορροπία της φύσης πάνω στη Γη, ελέγχοντας τη φωτιά, τον κεραυνό και τον πάγο.
Τρία παιδιά πίνουν ένα μαγικό ελιξίριο που τα μεταμορφώνει σε πλάσματα της θάλασσας. Έχουν μόνο σαράντα οκτώ ώρες να βρουν το αντίδοτο, το οποίο για κακή τους τύχη πέφτει στα χέρια του Τζο, ενός ψαριού με δικτατορικές τάσεις, που το χρησιμοποιεί στα σχέδιά του για να γίνει κυρίαρχος της θάλασσας.
Στην προσπαθεια του να ξεφυγει απο εναν κυνηγο ποκεμον το celebi χρησιμοποιη την ικανοτητα του να ταξιδευει στο χρονο. Μαζι του περνει και ενα αγορι τον Σαμι που προσπαθουσε να το βοηθησει. Ο Ας με την υπολοιπη παρεα μαζι με τον Σαμι και το celebi θα αντιμετοπησουν αυτον τον εχθρο ο οποιος διαθετη μια μπαλα γνωστη και ως darkball που μετατρεπει τα καλα ποκεμον σε πολυ ισχυρα κακα ποκεμον. Θα καταφερουν ο Ας, ο Σαμι και το celebi να σωσουν τον κοσμο