Film jutustab rohelisest sookollist Shrekist, kes on harjunud elama üksinda soo peal. Aga Shreki rahu saab rikutud muinasjuttude tegelastega, keda Duloci valitseja Lord Farquaad sunnib soo peale kolima.
Mesinädalatelt naasnud Shrek ja Fiona saavad Fiona vanematelt, Kauge Kauge Kuningalt ja Kuningannalt, küllakutse tähistamaks tütre abielu. Kohalejõudes näevad aga Fiona vanemad, et nende väimees pole kaugeltki see, keda nad oleks oodanud…
Fionaga abielludes polnud Shrekil aimugi, et seetõttu peab ta ühel päeval võibolla kuningaks hakkama. Kui Shreki äiapapa, kuningas Harold korraga lahkub, ootab teda just see au. Välja arvatud juhul, kui Shrek (koos oma ustavate kaaslaste Eesli ja Saabastega Kassiga) leiaks enda asemele sobiva kuninga. Kõige lubavam kandidaat oleks Fiona nõbu Artie, keskkoolis õppiv ebakuninglik hädavares, kellest väärilise troonipärija kasvatamine näib olevat üks raskemaid ülesandeid, millega Shrek ja sõbrad eales silmitsi seisnud on.
Tänases Londonis äratab 12-aastane poiss Quinn ekslikult oma sajanditepikkuse letargia tagajärjel tohutu draakoni. Kakskümmend aastat hiljem on metsalise ja tema järglaste möödumise hävitavaid tagajärgi näha peaaegu kogu planeedil. Draakonid on äärmiselt intelligentsed, kõrgelt arenenud olendid… ega kavatse Maaga inimestele jagada. Quinn on üles kasvanud ja on nüüd tulejuht. Tema ülesandeks on hoida metsalised eemal ja kaitsta väikest kogukonda, kes võitleb nende ellujäämise eest. Selle kaose keskel paistab Van Zan, Ameerika ettevõtja, kes väidab, et teab, kuidas tappa lohe ja päästa inimkond; ja ka meetodiga, mida Quinn polnud kunagi varem näinud.