Alles speelt zich af in 2029. Het Ministerie van Buitenlandse Zaken heeft de ideale topagent, de 'Puppet Master' gemaakt. Deze is niet menselijk, heeft geen lichaam en kan zichzelf verplaatsen via de elektronische snelweg, het net.

Los Angeles, 2019: Rick Deckard is een 'Blade Runner': een politieagent die ingezet wordt om 'replicants' (androïden) uit te schakelen, omdat onze planeet na een gewelddadige opstand verboden terrein is voor hen.

Het jaar is 2030 en zes jaar zijn verstreken sinds een crimineel die alleen bekend staat als 'The Laughing Man' de top van de medische nanotechnologiebedrijven binnendrong en daden van cyberterrorisme, ontvoering en spionage pleegde, waardoor er geen bekende verdachten achterbleven. Nieuwe informatie wordt onthuld nu Section 9 op jacht gaat naar een verdachte die in staat is tot ondoorgrondelijke acties in deze compilatie van Stand Alone Complex-content.

In 1997 is New York omgevormd tot een maximum security gevangenis. Nadat het presidentiële vliegtuig boven de stad door criminelen is neergehaald, krijgt de cynische bankrover Snake Plissken een aanbod. De president redden uit handen van de bendes in ruil voor zijn vrijheid.

In 2067 begint de mensheid in te zien dat de voortschrijdende ontwikkeling van robot-technologie grote negatieve gevolgen heeft voor de humanitaire kant van de mens. De VN neemt hierop een resolutie aan die de verdere ontwikkeling van deze zogenaamde cybertechnologie verbiedt. Japan, onder druk van het enorme bedrijf Daiwa Heavy Industries, marktleider in deze sector, wijst de resolutie af, trekt zich terug uit de VN en schermt zich af met een elektronisch schild. Het raakt hierdoor compleet afgezonderd van de wereld. Vexille is een jonge, vrouwelijke Special Agent van een eenheid in L.A. die cybertechnologie-criminaliteit onderzoekt. Ze komt in aanraking met een hoge baas van Daiwa en het blijkt dat hij gedeeltelijk robot is, zijn vlees is vervangen door bio-metaal. De wereld raakt ervan overtuigd dat er foute zaken gaande zijn in Japan...

In de toekomst is het mogelijk om kunstmatige organen in te laten zetten. Remy heeft een nieuw hart maar kan de schuld daarvoor niet afbetalen. Hij slaat op de vlucht omdat er twee meedogenloze oorlogsveteranen op hem afgestuurd zijn.

Vijf jaar na de OAV series, leven Third serie robot Naomi Armitage en haar man Ross Sylibus nu vreedzaam op Mars met hun dochter, tot een een groepering het geheim wil achterhalen van de Third mogelijkheden om kinderen te baren.

Een ingenieur werkt al drie jaar lang aan een geheim project. Op een dag wordt hij wakker en ontdekt dat zijn werkgever de delen van zijn geheugen die over het project gaan, heeft gewist. Wanneer hij zijn 'paycheck' wil ophalen blijkt dat hij heeft ingestemd met betaling in zonderlinge voorwerpen in plaats van geld. Hij probeert radeloos de stukjes uit zijn geheugen terug te vinden terwijl blijkt dat ook de overheid achter hem aan zit. Gebaseerd op een verhaal van Philip K. Dick

Het is 2019 en de wereld is verwoest door oorlog en ten prooi gevallen aan anarchie. Huurling Hugo Cornelius Toorop krijgt de opdracht om de jongedame Aurora te escorteren van Rusland naar Amerika. Hij komt er achter dat zij een virus draagt dat het uitsterven van het menselijk ras kan betekenen.

In een verre toekomst hebben besmettelijke ziektes het grootste gedeelte van de wereldbevolking vernietigd. Er is nog maar één beschermde stad, Bregna, die wordt omgeven door een soort muur. De stad wordt geleid door een aantal wetenschappers. Aeon Flux is de belangrijkste strijdster van de Monicans, een ondergronds rebellen-netwerk dat wordt geleid door de 'Handler'.

'Mute' speelt zich af in de nabije toekomst en volgt een barman die de naam Leo draagt en in de bruisende stad Berlijn woont. Door een ongeluk in zijn jeugd heeft Leo het vermogen om te kunnen praten verloren en het enige goede in zijn leven is zijn vriendin Naadirah.

Parker is een gewezen politieagent en zit een 17 jaar opgelegde straf uit wegens doodslag op Matthew Grimes; de moordenaar van zijn vrouw en kind. Hij en zijn medegevangene John Donovan worden als proefkonijnen door de overheid gebruikt om een virtual reality systeem te testen dat dienst moet gaan doen als opleidingscentrum voor agenten van Los Angeles.