Åtte år gamle Calogero blir adoptert av en lokal gangster etter at han har gjort bossen en tjeneste,noe hans bussjåfør far missliker.Første halvdel av filmen skildrer Bronx anno 1960, andre halvdel hopper vi til 1968 og 16 åringen rives fortsatt mellom familie og mafiaen.

To FBI-agenter (Hackman ,Dafoe) blir sendt til Mississippi, for å etterforske en forbrytelse der tre borgerrettighetsforkjempere har forrsvunnet på mystisk vis. En av de tre er svart, de to andre er hvite jøder. Dafoe er en rett fram, humørløs Harvard-mann. Han vet lite om forholdene i sørstatene og hans metoder fører ofte til farlige situasjoner. Hackman er tidligere sørstats-sheriff, rund og omgjengelig og kjenner forholdene ut og inn. De to møter store problemer i arbeidet, motstand både fra de skyldige og fra den svarte befolkning, som blir terrorisert til taushet. Den fryktløse Dafoe aner imidlertid et hull i den ugjennomtrengelige muren, og Hackman vet hvordan hullet skal utnyttes.

Den sanne historien om etterforskningen av "The Zodiac Killer", en seriemorder som skremte frykt i San Francisco Bay Area, og gjorde narr politiet med sine koder og brev. Saken blir en besettelse for fire menn som deres liv og karrierer blir bygget, og ødelagt, av endeløse spor og gåter fra seriemorderen.

En vellykket forfatter som går gjennom en vond skilsmisse, bor i et avsidesliggende feriehus når en ambisiøs skribent som anklager ham for plagiat, begynner å plage ham.