プラティニ国際音楽コンクールでの優勝後、千秋(玉木宏)はルー・マルレ・オーケストラの常任指揮者に。早速オケの偵察に行く千秋だったが、まったくやる気の感じられない団員たちの態度を目の当たりにし、がく然としてしまう。一方、のだめ(上野樹里)はコンセルヴァトワール(音楽学校)の進級試験を控え、練習に励む毎日を送っていたが……。
キュートな外見とは裏腹にエリートスパイとして活躍するペンギンズは秘密の潜入捜査中、かつて動物園で彼らに人気を奪われたことを恨むタコのデーブに誘拐される。デーブが人間の姿をしたオクト博士に姿を変え、世界中のペンギンへの復讐(ふくしゅう)を計画していることを知ったペンギンズは、スパイ軍団「ノース・ウィンド」と手を組み邪悪な陰謀に立ち向かう。