La nau de la confederació espacial USS Reliant rep senyals de vida del planeta desèrtic Ceti Alfa V, i decideix investigar-les. Entre la tripulació de la Reliant que baixa al planeta es troba l'oficial Chekov, antic membre de l'Enterprise. Però l'únic que troba l'expedició és una balisa encesa entre les restes de la nau Botany Bay.

Estem en el segle XXIII i un misteriós poder alienígena amenaça la Terra, evaporant els oceans i destruint l'atmosfera. En un frenètic intent per salvar la humanitat, Kirk i la seva tripulació viatgen en el temps i tornen al San Francisco de 1986, trobant-se amb un món de punks, pizza i autobusos de canvi exacte que resulten ser tan alienígenes com tot el que s'han trobat als llocs més recòndits de la galàxia. Una missió emocionant i repleta d'acció per a la nau espacial Enterprise.

Després d'anys de guerra, la Federació i l'imperi Klingon es disposen per a una conferència de pau. Però el panorama d'una negociació intergalàctica amb implacables enemics, preocupa a l'Almirall Kirk. “Són animals!”, adverteix. Quan una nau Klingon és atacada i responsabilitzen a l'Enterprise, els gossos de la guerra tornen a ser alliberats: ambdós mons es preparen per al que pot ser la seva trobada definitiva.

La victòria de l'almirall Kirk sobre Khan i la creació del planeta Gènesi són triomfs inútils. Spock ha mort i McCoy, inexplicablement, s'ha tornat boig. Una visita de Sarek, el pare de Spock, revela quelcom esglaiador: McCoy està albergant en el seu cos l'essència vital de Spock. Kirk tracta d'ajudar als seus amics, segresta l'Enterprise i desafia la quarantena imposada per la Flota Estel·lar en Gènesi. Però els Klingon també descobreixen l'existència de Gènesi i van a la trobada de Kirk en una cita que podria ser mortal.

La nau Enterprise es dirigeix al planeta Nimbus III per negociar l'alliberament d'uns ambaixadors segrestats. Allí descobriran que el cap de la banda és un parent de Spock obsessionat per trobar el planeta que és considerat la font de la vida.