Priča prati rane dane Jamesa T. Kirka i ostalih članova posade USS Enterprise-a za vrijeme njihova boravka u Akademiji Zvjezdane flote, s pustolovinama koje se protežu od Zemlje do Vulkana. Spock je još logičan, a Scotty se još ogorčeno žali da su motori broda preopterećeni. Plan o putovanju kroz vrijeme pokreće se kad svemirski brod Federacije USS Kelvin napadne zli Romulanac, očajnički tražeći jednog od junaka filma. Kirk i Spock dovedeni su u središte pozornosti jer film prati početke njihova prijateljstva i kako su postali časnici na brodu Enterprise.
Prije tisuću godina ova zemlja bila je dobra i zelena. Sve dok se Kristal nije slomio. Jedan komad bio je izgubljen – Krhotina Kristala. Tada se stvorio razdor te su se pojavile dvije nove vrste: okrutni Skeksisi i nježni Mistici. U Dvorcu Kristala Skeksisi preuzimaju kontrolu sa svojim čvrstim i uvrnutim tijelima te odbojnom i izopačenom samovoljom. Tisuću su godina vladali. U Dolini Mistika živi jedan Gelfling, Jen. Skeksisi su pobili njegovu obitelj i uništili njegov klan. Samo je Jen preživio te su ga odgojili najmudriji od Mistika. No tu je i Proročanstvo. Tisuću je godina prošlo i sada se još jedanput svijet mora podvrgnuti kušnji. Sada mora biti izliječen ili će zauvijek pasti pod vlast zla. U ovom trenutku Jen je Izabrani. I putovanje mora započeti: Jenovo putovanje.
Radnja je smještena u kriminalno podzemlje Los Angelesa u kojem lutke i ljudi žive zajedno, ali lutke se smatraju građanima drugog reda. Posrnuli bivši policajac i poročni privatni detektiv, Phil Phillips (lutka), odlučan je u otkrivanju serijskog ubojice koji je ubio njegovog brata a sada ubija zvijezde nekad popularna serije. Kako bi riješio slučaj, udružuje se s detektivom Edwards, svojom bivšom partnericom koju ne podnosi.