Kaptein Jean-Luc Picard (Patrick Stewart) og Next Generation-mannskapet legger ut på sitt mest spennende eventyr til nå i en science fiction-historie som er i en klasse for seg. De kaller seg Borg - en rase som er halvt roboter og halvt humanoider og bare ett eneste mål: å overvinne alle raser og innlemme dem i sin egen rase. Ledet av sin forførende og sadistiske dronning (Alice Krige), er Borg-rasen på vei mot jorden med utspekulert plan for å endre historien. Picards forrige møte med Borg kostet ham nesten livet. Nå vil han ha hevn. Men hvor langt er han villig til å gå?

Team America, en internasjonal politistyrke som jobber for global stabilitet, finner ut at en maktgal diktator selger masseødeleggelsesvåpen til terrorister. Heltene gir seg ut på et livsfarlig oppdrag for å redde verden.

Fra skapelsen av føderasjonen har den viktigste regelen alltid vært helt klar: Ingen Starfleet ekspedisjon får gripe inn i den naturlige utviklingen til andre samfunn. Men nå får Picard ordre som undergraver dette påbudet. Dersom han adlyder, vil 600 fredelige innbyggere på Ba'ku bli tvangsflyttet fra sin fantastiske verden, tilsynelatende for å sikre et bedre liv for millioner som vil nyte godt av Ba'kus ungdomskilde-lignende kraft. Dersom han nekter risikerer han sitt Starship, sin karriere, sitt liv. Men for Picard er det bare én utvei. Han må sloss mot Starfleet... og lede opprøret for å bevare Paradiset.

Kaptein Picard og mannskapet på U.S.S. Enterprise-E konfronteres med en Picard-kloning ved navn Shinzon som hersker over planeten Remus. Shinzon er døende og trenger Picards genmateriale for å overleve, men forsøket hans på å bortføre Picard slår feil og baner vei for et storstilt slag om kontroll over universet. Mannskapet tar opp kampen. Flere kommer til å dø. Men Enterprise-ånden lever videre, for alltid.